130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3175 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  100 
 
 		 328 aa  647    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  66.77 
 
 		 314 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  65.45 
 
 		 313 aa  418  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  66.77 
 
 		 314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  66.77 
 
 		 314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  67.07 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  67.07 
 
 		 315 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  67.07 
 
 		 315 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  67.07 
 
 		 315 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  66.47 
 
 		 315 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  66.77 
 
 		 315 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  63.14 
 
 		 313 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  61.03 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  50.9 
 
 		 315 aa  272  7e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  44.69 
 
 		 315 aa  252  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  47.06 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  46.42 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  47.06 
 
 		 315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  40.95 
 
 		 321 aa  238  6.999999999999999e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  46.27 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  46.44 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  47.06 
 
 		 315 aa  235  7e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  45.26 
 
 		 315 aa  229  7e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  45.26 
 
 		 315 aa  225  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  41.9 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  44.69 
 
 		 315 aa  219  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  46.83 
 
 		 315 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  40.85 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  44.58 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  44.69 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  39.64 
 
 		 323 aa  213  4.9999999999999996e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  45.59 
 
 		 315 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  40.24 
 
 		 323 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  40.25 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  38.41 
 
 		 318 aa  208  9e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  40.56 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  42.02 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.58 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.7 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  37.61 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.7 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.97 
 
 		 320 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40.56 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  40.3 
 
 		 324 aa  189  4e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  38.39 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.42 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  37.12 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.12 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  37.12 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  37.12 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  37.12 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  37.12 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  37.12 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  37.12 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  38.08 
 
 		 313 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  38.08 
 
 		 313 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.08 
 
 		 313 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.77 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  38.08 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  38.08 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  38.08 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  38.7 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.2 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.29 
 
 		 311 aa  172  1e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.67 
 
 		 318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  36.67 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.36 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  39.63 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.36 
 
 		 318 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.13 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.95 
 
 		 320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.7 
 
 		 313 aa  156  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  32.52 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.54 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  35.08 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  31.12 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  28.57 
 
 		 311 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  30.1 
 
 		 288 aa  89.7  7e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  31.42 
 
 		 347 aa  89.4  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  30.43 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  33.16 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  30.34 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  27.46 
 
 		 331 aa  76.6  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  27.46 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  30.36 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  29.32 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  27.22 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  27.3 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.53 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  28.8 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  26.57 
 
 		 400 aa  66.2  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  27.46 
 
 		 331 aa  65.9  0.0000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  29.68 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  31.87 
 
 		 348 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  29.32 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.18 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  24.55 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  29.27 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  26.65 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  26.75 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>