More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0140 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1961  AcrB/AcrD/AcrF family protein  44.83 
 
 
1038 aa  845    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2667  AcrB/AcrD/AcrF family protein  52.85 
 
 
1035 aa  1058    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4767  acriflavin resistance protein  76.53 
 
 
1037 aa  1580    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.300742  unclonable  0.0000000523741 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3430  acriflavin resistance protein  75.51 
 
 
1037 aa  1530    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0044  acriflavin resistance protein  75.75 
 
 
1036 aa  1559    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1475  acriflavin resistance protein  42.35 
 
 
1027 aa  779    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.521845  normal  0.0685081 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4375  acriflavin resistance protein  75.15 
 
 
1038 aa  1573    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000150121  normal  0.679218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0140  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1026 aa  2056    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2381  acriflavin resistance protein D  33.66 
 
 
1092 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.422424  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6349  acriflavin resistance protein  33.43 
 
 
1064 aa  559  1e-158  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0917  acriflavin resistance protein  36.36 
 
 
1054 aa  556  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3737  acriflavin resistance protein  34.14 
 
 
1014 aa  530  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0835  acriflavin resistance protein  31.88 
 
 
1042 aa  516  1e-144  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.181435  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2405  acriflavin resistance protein  30.67 
 
 
1051 aa  484  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3672  acriflavin resistance protein  32.61 
 
 
1061 aa  462  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4289  acriflavin resistance protein  31.11 
 
 
1055 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3726  acriflavin resistance protein  32.61 
 
 
1061 aa  462  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.226552 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0104  acriflavin resistance protein  31.15 
 
 
1056 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4429  acriflavin resistance protein  31.36 
 
 
1059 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0111  acriflavin resistance protein  31.27 
 
 
1059 aa  446  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  27.72 
 
 
1050 aa  363  7.0000000000000005e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  27.47 
 
 
1034 aa  361  3e-98  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  27.15 
 
 
1034 aa  351  4e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0540  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.38 
 
 
1049 aa  349  2e-94  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  28.53 
 
 
1496 aa  347  6e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  28.05 
 
 
1042 aa  345  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  27.92 
 
 
1038 aa  343  1e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.33 
 
 
1031 aa  341  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1420  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.6 
 
 
1081 aa  341  5e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  26.94 
 
 
1011 aa  340  7e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  27.02 
 
 
1031 aa  340  9e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  25.95 
 
 
1046 aa  340  9.999999999999999e-92  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  27.02 
 
 
1031 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  27.02 
 
 
1031 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  27.72 
 
 
1032 aa  335  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  27.06 
 
 
1031 aa  335  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  26.96 
 
 
1031 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  26.96 
 
 
1031 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0965  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.25 
 
 
1024 aa  332  2e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00708155  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  26.96 
 
 
1031 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  0.000000350495 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  25.92 
 
 
1033 aa  332  2e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  28.17 
 
 
1030 aa  331  4e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  27.67 
 
 
1041 aa  331  5.0000000000000004e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  27.07 
 
 
1031 aa  331  5.0000000000000004e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1267  acriflavin resistance protein  26.57 
 
 
1035 aa  328  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0368024  hitchhiker  0.0000615461 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  27.66 
 
 
1034 aa  326  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1158  cation/multidrug efflux pump-like protein  25.97 
 
 
1009 aa  326  1e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  28.08 
 
 
1042 aa  327  1e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  27.07 
 
 
1037 aa  326  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1366  acriflavin resistance protein  26.92 
 
 
1035 aa  325  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0602713  hitchhiker  0.00132005 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1155  acriflavin resistance protein  26.64 
 
 
1036 aa  325  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00884759  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  25.5 
 
 
1043 aa  324  4e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.71 
 
 
1024 aa  323  9.000000000000001e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1350  acriflavin resistance protein  29.15 
 
 
1024 aa  323  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0568344 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  26.28 
 
 
1095 aa  323  9.999999999999999e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  26.85 
 
 
1044 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0815  acriflavin resistance protein  25.76 
 
 
1036 aa  322  3e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  26.55 
 
 
1031 aa  321  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  27.39 
 
 
1051 aa  321  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  24.81 
 
 
1044 aa  320  7e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  27.39 
 
 
1051 aa  320  7e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  27.08 
 
 
1048 aa  320  7e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1732  acriflavin resistance protein  28.95 
 
 
1027 aa  319  2e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  27.28 
 
 
1047 aa  318  3e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.54 
 
 
1034 aa  318  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1876  acriflavin resistance protein  27.08 
 
 
1017 aa  318  4e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  26.33 
 
 
1029 aa  318  4e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3170  acriflavin resistance protein  27.28 
 
 
1047 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130532  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1043  nodulation protein precursor  26.56 
 
 
1069 aa  317  5e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  27.1 
 
 
1055 aa  317  5e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1200  acriflavin resistance protein  27.28 
 
 
1047 aa  317  6e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.994972  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3314  acriflavin resistance protein  27.19 
 
 
1047 aa  317  9e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.378933 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  27.2 
 
 
1051 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  26.63 
 
 
1022 aa  315  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004021  RND multidrug efflux transporter  26.6 
 
 
1037 aa  314  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  26.4 
 
 
1470 aa  314  3.9999999999999997e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0641  acriflavin resistance protein  25.88 
 
 
1041 aa  314  5.999999999999999e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1907  acriflavin resistance protein  25.59 
 
 
1038 aa  313  7.999999999999999e-84  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  26.18 
 
 
1071 aa  313  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  26.8 
 
 
1046 aa  313  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.11 
 
 
1046 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  26.7 
 
 
1070 aa  311  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  25.83 
 
 
1040 aa  311  2.9999999999999997e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1738  acriflavin resistance protein  27.92 
 
 
1031 aa  311  4e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0173564  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1675  acriflavin resistance protein  25.89 
 
 
1034 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.640028  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  26.96 
 
 
1042 aa  308  4.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3296  acriflavin resistance protein  24.81 
 
 
1006 aa  308  4.0000000000000004e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0229109  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  25.53 
 
 
1036 aa  307  6e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0030  acriflavin resistance protein  26.16 
 
 
1027 aa  307  6e-82  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0439457  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0211  acriflavin resistance protein  27.54 
 
 
1026 aa  307  8.000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.824478 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6179  acriflavin resistance protein  26.59 
 
 
1065 aa  306  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160015  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  26.35 
 
 
1058 aa  306  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  26.55 
 
 
1043 aa  305  3.0000000000000004e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1892  acriflavin resistance protein  26.69 
 
 
1031 aa  304  7.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3179  acriflavin resistance protein  26.22 
 
 
1023 aa  303  9e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000434633  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  25.53 
 
 
1062 aa  303  9e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2000  acriflavin resistance protein  27.78 
 
 
1028 aa  302  3e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  26.74 
 
 
1036 aa  301  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3955  acriflavin resistance protein  25.9 
 
 
1075 aa  301  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.542775  normal  0.203686 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3964  acriflavin resistance protein  27.35 
 
 
1035 aa  299  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000156628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>