292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2525 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
276 aa  565  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  50.83 
 
 
250 aa  244  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2973  LuxR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
257 aa  145  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.207347 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
254 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
242 aa  99  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
230 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
230 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.51 
 
 
230 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
230 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.51 
 
 
230 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.51 
 
 
230 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.51 
 
 
230 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.46 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.46 
 
 
243 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.46 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
244 aa  89  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5012  regulatory protein, LuxR  30.47 
 
 
289 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.136049 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
321 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
260 aa  86.3  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  29.11 
 
 
243 aa  85.9  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.1 
 
 
244 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  30.04 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.09 
 
 
307 aa  79.3  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
262 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
239 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
239 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
239 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
239 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
247 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  29.81 
 
 
242 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  29.11 
 
 
213 aa  76.3  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
239 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.81 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  30.98 
 
 
206 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.2 
 
 
240 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.2 
 
 
240 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.2 
 
 
240 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  29.27 
 
 
243 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  27.2 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  27.2 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  26.07 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.8 
 
 
240 aa  72.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  24.91 
 
 
320 aa  72  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.4 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.4 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
242 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  25.94 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  30.59 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  28.89 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  28.89 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  29.58 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  32.09 
 
 
233 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  27.62 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  25.43 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
241 aa  69.3  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  22.27 
 
 
248 aa  69.3  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  29.95 
 
 
265 aa  68.9  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  27 
 
 
246 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  26.36 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  27.6 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.42 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.42 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  27.98 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.42 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.64 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.01 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  26.16 
 
 
235 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  27.35 
 
 
246 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  26.38 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
265 aa  66.2  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  26.36 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  29.41 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
234 aa  65.1  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
229 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
241 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
243 aa  64.3  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
234 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.31 
 
 
238 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.31 
 
 
238 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.31 
 
 
238 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>