146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4060 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  100 
 
 		 314 aa  621  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  95.22 
 
 		 314 aa  584  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  96.18 
 
 		 314 aa  567  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  95.54 
 
 		 314 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  95.24 
 
 		 315 aa  559  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  94.29 
 
 		 315 aa  550  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  94.6 
 
 		 315 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  93.65 
 
 		 315 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  93.97 
 
 		 315 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  83.07 
 
 		 313 aa  529  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  80.89 
 
 		 313 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  77.07 
 
 		 313 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  67.07 
 
 		 328 aa  404  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  54.57 
 
 		 315 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  47.37 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  44.95 
 
 		 315 aa  245  6e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  43.6 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  48.36 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  46.71 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  48.36 
 
 		 311 aa  235  7e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  42.95 
 
 		 323 aa  232  6e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  47.37 
 
 		 315 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  47.7 
 
 		 315 aa  226  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  43.48 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  46.82 
 
 		 315 aa  221  9e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  42.16 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  41.5 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  47.16 
 
 		 315 aa  219  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  46.51 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  41.83 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  43.04 
 
 		 316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  47.71 
 
 		 318 aa  212  7e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  40.58 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  39.54 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40.51 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  42.48 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  42.12 
 
 		 323 aa  207  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  43.83 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  40.25 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  41.48 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  42.16 
 
 		 313 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  42.16 
 
 		 313 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  42.16 
 
 		 313 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.23 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  43.32 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.83 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  44.87 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.87 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  40.2 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  39.55 
 
 		 318 aa  202  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  39.55 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.55 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  39.55 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  39.55 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  39.55 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  45.15 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.87 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  40.85 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  39.55 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  40.85 
 
 		 313 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  40.85 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  39.42 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  39.22 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.23 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  39.23 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.91 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.91 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  43.97 
 
 		 313 aa  185  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  43.65 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.43 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.58 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.46 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.13 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.28 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  34.91 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  32.31 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  32.14 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  30.54 
 
 		 347 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  31.06 
 
 		 311 aa  95.9  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  30.06 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  28.53 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  26.85 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.95 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.7 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  30.28 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  30.2 
 
 		 330 aa  77.4  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  27.41 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  28.17 
 
 		 330 aa  76.3  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  27.47 
 
 		 330 aa  75.5  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  29.84 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  27.16 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  27.54 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.53 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  24.25 
 
 		 400 aa  70.1  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1498  polysulphide reductase, NrfD  28.47 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00036667 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  29.61 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  29.31 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.55 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2456  Polysulphide reductase NrfD  27.34 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  27.83 
 
 		 345 aa  65.5  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>