105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1802 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1802  PRC-barrel domain protein  100 
 
 		 136 aa  269  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2126  PRC-barrel domain protein  90.44 
 
 		 136 aa  223  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0283705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  60.75 
 
 		 135 aa  142  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  53.28 
 
 		 142 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  53.28 
 
 		 142 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3691  hypothetical protein  50.78 
 
 		 146 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  53.33 
 
 		 142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  52.5 
 
 		 142 aa  128  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5489  hypothetical protein  48.84 
 
 		 144 aa  128  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.240077 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  52.5 
 
 		 142 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  52.5 
 
 		 142 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  52.5 
 
 		 142 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2373  hypothetical protein  50 
 
 		 145 aa  124  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.662608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  42.86 
 
 		 143 aa  124  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  50.86 
 
 		 141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  50 
 
 		 141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  42.06 
 
 		 143 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6894  hypothetical protein  55.06 
 
 		 111 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.505741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  51.89 
 
 		 140 aa  110  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  48.11 
 
 		 140 aa  102  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  41.77 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  43.42 
 
 		 137 aa  84  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  35.94 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  44.16 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  38.32 
 
 		 163 aa  73.9  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  29.73 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  31.68 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  36.05 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  36.17 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  38.89 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  38.89 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  35.71 
 
 		 400 aa  62  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  30.63 
 
 		 174 aa  58.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  39.53 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  26.73 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  33.7 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  36.49 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  36.05 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  35.71 
 
 		 187 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  31.75 
 
 		 187 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1454  hypothetical protein  32.5 
 
 		 288 aa  53.5  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.649644  normal  0.0873077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 		 170 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  30.21 
 
 		 169 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  37.5 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  36.05 
 
 		 132 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  31.03 
 
 		 157 aa  50.1  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  24.1 
 
 		 285 aa  48.9  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  30.11 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  32.18 
 
 		 196 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  32.14 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  32.14 
 
 		 144 aa  47.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3743  PRC-barrel domain protein  36.47 
 
 		 165 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  30.95 
 
 		 193 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  29.58 
 
 		 220 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  32.56 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  27.69 
 
 		 211 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  32.31 
 
 		 280 aa  45.8  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2061  hypothetical protein  37.68 
 
 		 204 aa  45.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.324939  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  32.31 
 
 		 280 aa  45.8  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  34.48 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  28.28 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  29.32 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5718  PRC-barrel domain-containing protein  30.56 
 
 		 231 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.099038  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  31.67 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  30.3 
 
 		 214 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  27.55 
 
 		 177 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  28.57 
 
 		 213 aa  44.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  30.34 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  28.17 
 
 		 214 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  29.33 
 
 		 140 aa  43.9  0.0008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1132  PRC-barrel containing protein  39.06 
 
 		 294 aa  43.9  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  28.17 
 
 		 214 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5636  PRC-barrel domain protein  31.58 
 
 		 161 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.640165  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  28.57 
 
 		 189 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0050  PRC-barrel domain-containing protein  30.12 
 
 		 263 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.808352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  34.57 
 
 		 293 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  28.57 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  28.87 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  29.76 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  32.73 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  29.27 
 
 		 284 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  27.91 
 
 		 255 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  32.1 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 		 389 aa  42.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  29.85 
 
 		 190 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  27.27 
 
 		 190 aa  41.6  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3180  hypothetical protein  32.88 
 
 		 304 aa  41.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  31.08 
 
 		 173 aa  41.2  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  27.27 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6610  PRC-barrel domain protein  29.11 
 
 		 98 aa  41.2  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.106197 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  28.57 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  30.68 
 
 		 122 aa  41.2  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  26.44 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  24.36 
 
 		 183 aa  41.2  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0329  PRC-barrel  22.83 
 
 		 274 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  30.91 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  25.29 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1657  hypothetical protein  32.91 
 
 		 311 aa  40.8  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.157539 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0924  PRC-barrel domain protein  25.97 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  30.51 
 
 		 122 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>