142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4102 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  100 
 
 		 120 aa  246  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  82.5 
 
 		 120 aa  206  7e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  85.71 
 
 		 147 aa  201  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  80.18 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  74.17 
 
 		 119 aa  184  5e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  71.9 
 
 		 121 aa  181  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  69.17 
 
 		 137 aa  167  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  66.67 
 
 		 111 aa  155  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  59.17 
 
 		 119 aa  142  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2171  PRC-barrel  68.75 
 
 		 121 aa  140  7e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22411  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2506  PRC-barrel  68.75 
 
 		 121 aa  139  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.754347  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3308  PRC-barrel  60.83 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  57.28 
 
 		 117 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  53.77 
 
 		 133 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  55.34 
 
 		 117 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  55.34 
 
 		 117 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  53.27 
 
 		 120 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  45.87 
 
 		 129 aa  111  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4254  PRC-barrel  56.19 
 
 		 125 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3814  PRC-barrel  54.39 
 
 		 116 aa  110  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  47.12 
 
 		 122 aa  110  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3900  hypothetical protein  53.77 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3980  PRC-barrel  56.19 
 
 		 125 aa  108  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  47.66 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  44.34 
 
 		 125 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  48.54 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  47.66 
 
 		 146 aa  102  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  46.15 
 
 		 129 aa  102  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  50.56 
 
 		 120 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  50.56 
 
 		 120 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  42.59 
 
 		 112 aa  101  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  47.17 
 
 		 173 aa  100  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  42.31 
 
 		 122 aa  100  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  50 
 
 		 145 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  47.17 
 
 		 146 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  39.32 
 
 		 190 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  47.31 
 
 		 120 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  53.33 
 
 		 119 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  38.05 
 
 		 118 aa  93.2  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  48.28 
 
 		 135 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  37.39 
 
 		 190 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  40 
 
 		 122 aa  92  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  40.54 
 
 		 122 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  47.13 
 
 		 131 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  42.86 
 
 		 127 aa  90.5  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  47.13 
 
 		 131 aa  90.5  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  44.32 
 
 		 142 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  41.51 
 
 		 129 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  42.05 
 
 		 183 aa  80.1  0.000000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  40.91 
 
 		 171 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  40 
 
 		 160 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  39.29 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  36.26 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  40.23 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  36.67 
 
 		 161 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  39.08 
 
 		 160 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  39.08 
 
 		 160 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  39.08 
 
 		 160 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  39.08 
 
 		 163 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3652  hypothetical protein  34.74 
 
 		 110 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  41.57 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  41.57 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  36.67 
 
 		 175 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  37.93 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  37.93 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  35.16 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  36.36 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  41.89 
 
 		 148 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  36.36 
 
 		 158 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  44.59 
 
 		 155 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  36.67 
 
 		 175 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  38.03 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  35.56 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  35.63 
 
 		 158 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  36.05 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  44.83 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  35.56 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  35.56 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  44.83 
 
 		 137 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  40.7 
 
 		 140 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  46.03 
 
 		 485 aa  66.6  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  36.36 
 
 		 169 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  40.54 
 
 		 157 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 		 165 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  36.78 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  36.78 
 
 		 166 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  35.63 
 
 		 163 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  35.63 
 
 		 163 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  38.55 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  41.27 
 
 		 271 aa  60.1  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  35.8 
 
 		 117 aa  60.1  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  34.48 
 
 		 174 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 526 aa  57  0.00000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  34.41 
 
 		 234 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  34.69 
 
 		 270 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  34.34 
 
 		 229 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  30.59 
 
 		 399 aa  50.1  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>