110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1152 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  100 
 
 
111 aa  229  7.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2171  PRC-barrel  96.4 
 
 
121 aa  199  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22411  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2506  PRC-barrel  95.5 
 
 
121 aa  196  7e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.754347  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  76.58 
 
 
147 aa  176  9e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  72.07 
 
 
120 aa  160  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  70 
 
 
119 aa  160  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  66.67 
 
 
120 aa  155  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  72.22 
 
 
119 aa  155  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  63.96 
 
 
121 aa  150  5e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  64.86 
 
 
147 aa  147  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3308  PRC-barrel  70.37 
 
 
119 aa  139  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  62.62 
 
 
137 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  47.12 
 
 
133 aa  103  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  48.04 
 
 
117 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  50 
 
 
117 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  48.96 
 
 
117 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  43.75 
 
 
122 aa  95.5  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  47.62 
 
 
120 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  45.63 
 
 
146 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  48.91 
 
 
173 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  49.41 
 
 
146 aa  92  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  48.28 
 
 
145 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  39.42 
 
 
122 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  41.18 
 
 
120 aa  88.6  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  41.18 
 
 
120 aa  88.6  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  43.3 
 
 
130 aa  87  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  39.42 
 
 
122 aa  87  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  38.83 
 
 
112 aa  85.9  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  42.27 
 
 
130 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  40.45 
 
 
125 aa  85.1  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  38.46 
 
 
129 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  47.06 
 
 
145 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  42.53 
 
 
135 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  42.53 
 
 
131 aa  84  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  42.53 
 
 
131 aa  84  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3900  hypothetical protein  48.35 
 
 
125 aa  83.6  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333239  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  43.9 
 
 
129 aa  82.8  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4254  PRC-barrel  43.24 
 
 
125 aa  82  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  41.05 
 
 
119 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  36.26 
 
 
122 aa  80.9  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  42.39 
 
 
127 aa  80.5  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  36.54 
 
 
129 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  45.24 
 
 
120 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  40.23 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3980  PRC-barrel  48.35 
 
 
125 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  37.93 
 
 
190 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  35.24 
 
 
190 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3814  PRC-barrel  50 
 
 
116 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  34.31 
 
 
118 aa  72.4  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  40.96 
 
 
121 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  40.96 
 
 
121 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  32.97 
 
 
132 aa  68.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  39.02 
 
 
148 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 
155 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  37.8 
 
 
160 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  37.8 
 
 
160 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  37.8 
 
 
160 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  39.44 
 
 
173 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  37.8 
 
 
183 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  37.8 
 
 
157 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  37.8 
 
 
158 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  40 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3652  hypothetical protein  37.11 
 
 
110 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440188  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  37.8 
 
 
160 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  36.59 
 
 
171 aa  62.8  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  37.8 
 
 
160 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  36.59 
 
 
158 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  44.74 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  38.54 
 
 
137 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
161 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  32.93 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
163 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
163 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
163 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  34.15 
 
 
158 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  32.67 
 
 
175 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  37.8 
 
 
169 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  35.37 
 
 
156 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  35.37 
 
 
156 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  35.37 
 
 
154 aa  57.8  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 
122 aa  57.4  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  35.37 
 
 
175 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
166 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
166 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  34.15 
 
 
163 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
165 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  30.49 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  32.08 
 
 
163 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  31.13 
 
 
174 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  34.15 
 
 
163 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  34.15 
 
 
163 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  44.26 
 
 
526 aa  52.8  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  36.92 
 
 
485 aa  50.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  35.21 
 
 
117 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  31.25 
 
 
212 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  37.74 
 
 
271 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  32.93 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  29.59 
 
 
399 aa  44.3  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 
137 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 
214 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>