146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3795 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  100 
 
 		 165 aa  333  5.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  98.78 
 
 		 166 aa  328  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  80.12 
 
 		 163 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  80.12 
 
 		 163 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  77.11 
 
 		 163 aa  255  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  73.94 
 
 		 166 aa  255  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  76.54 
 
 		 174 aa  249  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  63.58 
 
 		 163 aa  218  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  63.58 
 
 		 163 aa  218  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  63.58 
 
 		 163 aa  218  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  69.17 
 
 		 160 aa  201  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  68.42 
 
 		 160 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  68.42 
 
 		 160 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  68.42 
 
 		 160 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  68.42 
 
 		 161 aa  197  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  68.42 
 
 		 160 aa  196  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  63.7 
 
 		 169 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  65.22 
 
 		 175 aa  192  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  67.97 
 
 		 175 aa  190  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  59.69 
 
 		 156 aa  177  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  59.38 
 
 		 156 aa  173  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  61.72 
 
 		 163 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  52 
 
 		 156 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  57.58 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  59.5 
 
 		 158 aa  162  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  60.34 
 
 		 158 aa  160  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  56.91 
 
 		 155 aa  156  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  51.49 
 
 		 158 aa  155  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  56.25 
 
 		 157 aa  155  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  55.36 
 
 		 148 aa  149  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  48.23 
 
 		 171 aa  144  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  52.89 
 
 		 183 aa  136  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  48.65 
 
 		 120 aa  127  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  49.14 
 
 		 139 aa  127  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  43.28 
 
 		 485 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  38.62 
 
 		 271 aa  123  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  42.86 
 
 		 173 aa  121  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  50 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5289  PRC-barrel  45.9 
 
 		 142 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.928377  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5569  PRC-barrel domain-containing protein  45.9 
 
 		 142 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  42.34 
 
 		 122 aa  106  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  39.82 
 
 		 142 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  39.82 
 
 		 135 aa  94.7  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  38.05 
 
 		 131 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  38.05 
 
 		 131 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  39.25 
 
 		 129 aa  86.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  38.74 
 
 		 117 aa  86.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  34.07 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  35.09 
 
 		 129 aa  80.9  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  36 
 
 		 137 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  36.17 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  34.19 
 
 		 122 aa  76.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  32.46 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  32.73 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  33.04 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  31.13 
 
 		 122 aa  72  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  34.91 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2333  hypothetical protein  30.91 
 
 		 123 aa  70.1  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.16959  normal  0.0255916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  35.51 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  31.13 
 
 		 112 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  34.51 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  32.14 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  32.14 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  29.9 
 
 		 399 aa  67  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  38.89 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  31.13 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2103  PRC-barrel domain-containing protein  32.26 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  30.77 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  31.53 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  45.95 
 
 		 120 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  37.8 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  39.29 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  35.58 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  33.96 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  34.86 
 
 		 526 aa  62.4  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  39.29 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  39.29 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  28.72 
 
 		 122 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  28.57 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  32.18 
 
 		 117 aa  60.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  28.7 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  31.52 
 
 		 190 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  28.7 
 
 		 117 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  31.71 
 
 		 121 aa  57.8  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  35.8 
 
 		 210 aa  57.4  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  35.8 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  31.4 
 
 		 122 aa  57  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  35.8 
 
 		 270 aa  57  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  35.37 
 
 		 111 aa  55.5  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  36.14 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  40.54 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  33.33 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0474  PRC-barrel domain-containing protein  31.48 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903154  hitchhiker  0.00309714 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1635  hypothetical protein  31.25 
 
 		 263 aa  53.9  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  35.06 
 
 		 119 aa  51.6  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3528  PRC-barrel  30.61 
 
 		 270 aa  51.2  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.16044 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>