164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5293 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  100 
 
 
169 aa  343  7e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  73.94 
 
 
175 aa  246  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  74.53 
 
 
175 aa  243  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  63.03 
 
 
163 aa  204  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  63.03 
 
 
163 aa  204  7e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  63.03 
 
 
163 aa  204  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  65.77 
 
 
160 aa  201  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  65.77 
 
 
160 aa  201  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  63.7 
 
 
166 aa  200  8e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  65.1 
 
 
160 aa  198  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  65.1 
 
 
160 aa  198  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  65.1 
 
 
160 aa  198  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  65.1 
 
 
161 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  63.7 
 
 
165 aa  195  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  63.01 
 
 
166 aa  194  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  58.9 
 
 
174 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  64.03 
 
 
158 aa  187  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  61.15 
 
 
163 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  61.15 
 
 
163 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  68.42 
 
 
156 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  66.15 
 
 
158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  59.71 
 
 
163 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  65.52 
 
 
156 aa  177  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  65.22 
 
 
156 aa  174  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  68.47 
 
 
148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  63.91 
 
 
163 aa  168  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  64.29 
 
 
157 aa  167  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  61.86 
 
 
155 aa  160  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  59.48 
 
 
158 aa  159  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  54.17 
 
 
154 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  59.09 
 
 
173 aa  147  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  51.61 
 
 
183 aa  143  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  54.95 
 
 
120 aa  141  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  48.46 
 
 
171 aa  139  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  54.72 
 
 
117 aa  137  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  47.15 
 
 
485 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  46.77 
 
 
271 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  46.49 
 
 
139 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5289  PRC-barrel  49.57 
 
 
142 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.928377  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5569  PRC-barrel domain-containing protein  49.57 
 
 
142 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  48.39 
 
 
140 aa  122  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  48 
 
 
122 aa  114  5e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  35.71 
 
 
135 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  36.61 
 
 
142 aa  91.3  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  42 
 
 
117 aa  90.1  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  36.21 
 
 
131 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  34.82 
 
 
131 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  32 
 
 
125 aa  84.3  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  34.78 
 
 
129 aa  79  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  34.65 
 
 
130 aa  78.2  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  33.87 
 
 
137 aa  77.4  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  30.84 
 
 
129 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  33.91 
 
 
130 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  30.87 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  33.62 
 
 
122 aa  75.9  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  33.83 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  32.08 
 
 
118 aa  74.7  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  34.23 
 
 
120 aa  74.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  36.79 
 
 
145 aa  74.3  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  34.23 
 
 
120 aa  74.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  33.98 
 
 
399 aa  74.3  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  35.79 
 
 
526 aa  73.9  0.0000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  33.96 
 
 
133 aa  73.6  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  34.29 
 
 
119 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  33.02 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2333  hypothetical protein  35.19 
 
 
123 aa  73.2  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.16959  normal  0.0255916 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  29.06 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  35.78 
 
 
145 aa  71.6  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  31.3 
 
 
122 aa  70.9  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  35.45 
 
 
127 aa  70.1  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  32.2 
 
 
129 aa  70.1  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  37.93 
 
 
117 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  37.93 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  36.36 
 
 
120 aa  66.6  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  33.63 
 
 
146 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0474  PRC-barrel domain-containing protein  36.54 
 
 
142 aa  66.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903154  hitchhiker  0.00309714 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  36.9 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  33.63 
 
 
173 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2103  PRC-barrel domain-containing protein  35.48 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  32.08 
 
 
120 aa  64.7  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  36.9 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  33.33 
 
 
147 aa  63.9  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 
122 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  38.64 
 
 
120 aa  63.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  32.61 
 
 
190 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 
120 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  32.61 
 
 
190 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  30.85 
 
 
122 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  34.09 
 
 
147 aa  60.5  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  37.8 
 
 
111 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  39.19 
 
 
119 aa  58.5  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  38.27 
 
 
130 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  34.09 
 
 
137 aa  58.2  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  30.48 
 
 
121 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  35.63 
 
 
212 aa  55.5  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  30.61 
 
 
121 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3652  hypothetical protein  41.56 
 
 
110 aa  54.7  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440188  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  36.84 
 
 
119 aa  55.1  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  37.93 
 
 
389 aa  54.7  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  30 
 
 
121 aa  54.3  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>