116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4076 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  100 
 
 
121 aa  248  2e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  73.55 
 
 
120 aa  189  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  73.28 
 
 
147 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  71.9 
 
 
120 aa  181  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  70.69 
 
 
147 aa  176  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  64.46 
 
 
119 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  63.96 
 
 
111 aa  150  5e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2171  PRC-barrel  61.98 
 
 
121 aa  140  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22411  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  62.5 
 
 
137 aa  139  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2506  PRC-barrel  61.98 
 
 
121 aa  137  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.754347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  56.64 
 
 
117 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  56.41 
 
 
120 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  55.75 
 
 
117 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  52.99 
 
 
119 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  53.98 
 
 
117 aa  126  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  51.3 
 
 
133 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4254  PRC-barrel  56.52 
 
 
125 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  49.04 
 
 
122 aa  116  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3308  PRC-barrel  53.85 
 
 
119 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3980  PRC-barrel  54.78 
 
 
125 aa  114  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3900  hypothetical protein  55.36 
 
 
125 aa  113  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333239  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  47.75 
 
 
129 aa  110  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  40.98 
 
 
125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  53.85 
 
 
145 aa  105  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  44.86 
 
 
112 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  46.3 
 
 
129 aa  104  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3814  PRC-barrel  53.91 
 
 
116 aa  103  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  42.61 
 
 
122 aa  102  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  40.78 
 
 
122 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  43.64 
 
 
130 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  45.28 
 
 
130 aa  101  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  48.15 
 
 
146 aa  101  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  53.93 
 
 
145 aa  100  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  45.69 
 
 
127 aa  100  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  47.22 
 
 
146 aa  100  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  46.3 
 
 
173 aa  99  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  50.57 
 
 
120 aa  97.1  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  50.57 
 
 
120 aa  97.1  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  40.91 
 
 
190 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  41.07 
 
 
190 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  42.98 
 
 
129 aa  94  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 
122 aa  94  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  48.89 
 
 
120 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  44.79 
 
 
135 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  47.13 
 
 
131 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  47.13 
 
 
131 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  53.95 
 
 
119 aa  90.9  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  44.57 
 
 
142 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  39.25 
 
 
118 aa  87  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  37.37 
 
 
132 aa  82  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  41.76 
 
 
121 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3652  hypothetical protein  38.14 
 
 
110 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  43.02 
 
 
121 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  46.88 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  45.83 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  39.76 
 
 
183 aa  73.6  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  38.55 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  39.51 
 
 
155 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
148 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  35.37 
 
 
156 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  33.33 
 
 
173 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  34.15 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  34.15 
 
 
156 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  32.93 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  32.93 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  32.93 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  34.15 
 
 
160 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  34.15 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  34.15 
 
 
157 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  36.59 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  34.15 
 
 
161 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  41.18 
 
 
140 aa  62.4  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  32.93 
 
 
158 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  31.4 
 
 
122 aa  61.2  0.000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  35.37 
 
 
175 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  34.15 
 
 
163 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  32.08 
 
 
163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  32.08 
 
 
163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  32.08 
 
 
163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  32.93 
 
 
166 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  32.58 
 
 
117 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  31.71 
 
 
158 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  32.93 
 
 
158 aa  58.2  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  30.49 
 
 
154 aa  58.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  31.71 
 
 
166 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  34.15 
 
 
175 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  31.71 
 
 
165 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  39.34 
 
 
485 aa  57  0.00000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  40.28 
 
 
271 aa  56.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  30.49 
 
 
163 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0934  PRC-barrel domain-containing protein  29.67 
 
 
114 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.889607 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  30.49 
 
 
163 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  30.49 
 
 
163 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  30 
 
 
169 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  33.72 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  29.47 
 
 
174 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2333  hypothetical protein  24.55 
 
 
123 aa  51.6  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.16959  normal  0.0255916 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  32.84 
 
 
526 aa  50.1  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  35.48 
 
 
187 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  36.21 
 
 
130 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>