145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2876 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  100 
 
 		 122 aa  251  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  57.63 
 
 		 129 aa  161  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  61.67 
 
 		 130 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  60 
 
 		 130 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  54.7 
 
 		 117 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  54.46 
 
 		 120 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  52.14 
 
 		 117 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  52.14 
 
 		 117 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  50 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  50 
 
 		 133 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  50.46 
 
 		 129 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  53.85 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  53.85 
 
 		 131 aa  114  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  46.28 
 
 		 127 aa  113  8.999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  45.05 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  45.05 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  46.67 
 
 		 118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  47.83 
 
 		 129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  52.54 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3900  hypothetical protein  50.88 
 
 		 125 aa  111  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  47.75 
 
 		 125 aa  111  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  48.6 
 
 		 119 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  44.14 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  44.86 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  45.45 
 
 		 142 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3980  PRC-barrel  51.33 
 
 		 125 aa  106  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4254  PRC-barrel  50.44 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  43.75 
 
 		 112 aa  105  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3814  PRC-barrel  52.25 
 
 		 116 aa  103  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  40.78 
 
 		 121 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  46.24 
 
 		 147 aa  102  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  42.99 
 
 		 120 aa  101  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  46.32 
 
 		 147 aa  101  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  47.71 
 
 		 146 aa  101  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  47.71 
 
 		 173 aa  101  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  47.71 
 
 		 146 aa  100  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  42.31 
 
 		 120 aa  100  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  44.14 
 
 		 145 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  44.14 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  40.83 
 
 		 132 aa  95.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  43 
 
 		 137 aa  92  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  41.84 
 
 		 119 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  38.79 
 
 		 160 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  38.79 
 
 		 160 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  38.79 
 
 		 160 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  38.79 
 
 		 160 aa  90.9  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  43.09 
 
 		 137 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  43.09 
 
 		 137 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  39.66 
 
 		 161 aa  90.1  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  39.66 
 
 		 163 aa  89.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  38.79 
 
 		 160 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  40.74 
 
 		 121 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  37.39 
 
 		 163 aa  89  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  39.66 
 
 		 163 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  39.66 
 
 		 163 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  40.95 
 
 		 190 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 		 121 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  46.24 
 
 		 120 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  37.93 
 
 		 156 aa  87.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  36.52 
 
 		 154 aa  87  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  38.46 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  40.52 
 
 		 175 aa  86.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  40 
 
 		 190 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  39.66 
 
 		 175 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  37.39 
 
 		 156 aa  83.6  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  37.93 
 
 		 157 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  37.07 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  36.52 
 
 		 155 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  35.34 
 
 		 158 aa  80.5  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  35.4 
 
 		 183 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  36.26 
 
 		 111 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  37.61 
 
 		 166 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  34.19 
 
 		 156 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  35.9 
 
 		 485 aa  79.7  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  36.21 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  36.75 
 
 		 163 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  36.75 
 
 		 163 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  35.04 
 
 		 163 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  31.93 
 
 		 122 aa  76.6  0.00000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  33.33 
 
 		 171 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  34.19 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  34.19 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  34.19 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  33.62 
 
 		 169 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  33.91 
 
 		 173 aa  74.3  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3652  hypothetical protein  37.23 
 
 		 110 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440188  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  33.64 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  30.84 
 
 		 117 aa  71.6  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  33.91 
 
 		 271 aa  70.5  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  38 
 
 		 140 aa  70.5  0.000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  32.43 
 
 		 120 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  30.93 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2171  PRC-barrel  37.36 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22411  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2506  PRC-barrel  37.36 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.754347  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5289  PRC-barrel  29.91 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.928377  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5569  PRC-barrel domain-containing protein  29.91 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  29.91 
 
 		 526 aa  61.2  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3308  PRC-barrel  34.09 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  33.96 
 
 		 399 aa  59.7  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.484465 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>