125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3931 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  100 
 
 		 147 aa  296  6e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  82.31 
 
 		 147 aa  246  6e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  80.34 
 
 		 120 aa  191  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  80.18 
 
 		 120 aa  189  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  70.69 
 
 		 121 aa  176  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  68.75 
 
 		 119 aa  165  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  70.54 
 
 		 137 aa  157  6e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  64.86 
 
 		 111 aa  147  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2171  PRC-barrel  65.52 
 
 		 121 aa  136  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22411  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2506  PRC-barrel  65.52 
 
 		 121 aa  134  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.754347  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  54.31 
 
 		 119 aa  124  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  56.31 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  48.65 
 
 		 133 aa  115  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  54.37 
 
 		 117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  54.81 
 
 		 117 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  50.48 
 
 		 120 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3308  PRC-barrel  53.45 
 
 		 119 aa  111  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4254  PRC-barrel  50.42 
 
 		 125 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3980  PRC-barrel  51.26 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  47.52 
 
 		 122 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  52.75 
 
 		 130 aa  103  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  44.44 
 
 		 129 aa  103  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  42.02 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  51.09 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  46.32 
 
 		 122 aa  101  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3900  hypothetical protein  50 
 
 		 125 aa  99.4  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  42.31 
 
 		 112 aa  98.6  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3814  PRC-barrel  52.83 
 
 		 116 aa  94.7  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  42.31 
 
 		 129 aa  94.4  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  51.76 
 
 		 145 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 		 122 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  42.11 
 
 		 120 aa  91.3  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  42.11 
 
 		 120 aa  91.3  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  37.04 
 
 		 122 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  50.59 
 
 		 145 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 190 aa  89  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  42.86 
 
 		 127 aa  89  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  46.15 
 
 		 146 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  48.31 
 
 		 135 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  44.21 
 
 		 142 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  44.76 
 
 		 146 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  45.19 
 
 		 173 aa  87  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  48.78 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  33.64 
 
 		 190 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  48.78 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  40.19 
 
 		 129 aa  84  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  47.3 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  46.99 
 
 		 120 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  40.91 
 
 		 171 aa  79  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  38.64 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  37.23 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  38.64 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  39.77 
 
 		 183 aa  77  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  38.89 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  38.64 
 
 		 160 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 		 161 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  39.6 
 
 		 155 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  38.54 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  36.96 
 
 		 156 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  36.96 
 
 		 156 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3652  hypothetical protein  34.74 
 
 		 110 aa  68.2  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440188  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  42.67 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  44.83 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  33.77 
 
 		 173 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  34.44 
 
 		 163 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  36.36 
 
 		 175 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  34.44 
 
 		 163 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  34.44 
 
 		 163 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  43.33 
 
 		 137 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  39.47 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  32.95 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  31.03 
 
 		 158 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  29.25 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  31.9 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  36.36 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  30.83 
 
 		 175 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  29.66 
 
 		 154 aa  63.5  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  32.32 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  40.91 
 
 		 485 aa  63.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  35.29 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  33.96 
 
 		 165 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  33.96 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  35.23 
 
 		 163 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  35.23 
 
 		 163 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  35.23 
 
 		 163 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  34.09 
 
 		 169 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  37.88 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  32.95 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4203  hypothetical protein  81.25 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  38.81 
 
 		 526 aa  54.3  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  32.47 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4625  hypothetical protein  63.41 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  30.95 
 
 		 120 aa  51.2  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0934  PRC-barrel domain-containing protein  30.23 
 
 		 114 aa  50.8  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.889607 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  37.7 
 
 		 234 aa  50.8  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>