117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2126 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2126  PRC-barrel domain protein  100 
 
 		 136 aa  270  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0283705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1802  PRC-barrel domain protein  90.44 
 
 		 136 aa  223  9e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  58.93 
 
 		 135 aa  141  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  51.47 
 
 		 142 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  53.44 
 
 		 142 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  55 
 
 		 142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  54.17 
 
 		 142 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5489  hypothetical protein  52.8 
 
 		 144 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.240077 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  52.94 
 
 		 141 aa  124  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  52.5 
 
 		 142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  52.5 
 
 		 142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  52.5 
 
 		 142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  52.1 
 
 		 141 aa  123  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3691  hypothetical protein  47.66 
 
 		 146 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2373  hypothetical protein  47.54 
 
 		 145 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.662608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  43.41 
 
 		 143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  43.41 
 
 		 143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  52.83 
 
 		 140 aa  110  9e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6894  hypothetical protein  49.51 
 
 		 111 aa  108  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.505741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  48.11 
 
 		 140 aa  99.8  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  43.04 
 
 		 130 aa  84  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  48.05 
 
 		 134 aa  83.6  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  38.28 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  44.74 
 
 		 137 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  38.32 
 
 		 163 aa  74.3  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  40.21 
 
 		 400 aa  68.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  30.41 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  38.82 
 
 		 212 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  43.21 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  43.21 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  32.08 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  34.04 
 
 		 140 aa  62  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  38.2 
 
 		 172 aa  61.2  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  31.73 
 
 		 174 aa  60.8  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  28.71 
 
 		 179 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  35.96 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  34.67 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  33.64 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  35.71 
 
 		 187 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  31.73 
 
 		 187 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  32.56 
 
 		 170 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  30.53 
 
 		 169 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  34.15 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  37.5 
 
 		 178 aa  51.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1454  hypothetical protein  32.5 
 
 		 288 aa  50.8  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.649644  normal  0.0873077 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  26.51 
 
 		 285 aa  49.7  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  32.22 
 
 		 280 aa  49.3  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  35.8 
 
 		 293 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  32.22 
 
 		 280 aa  49.3  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  31.03 
 
 		 196 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  35.8 
 
 		 179 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3743  PRC-barrel domain protein  37.65 
 
 		 165 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  31.03 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  29.89 
 
 		 157 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  29.55 
 
 		 129 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  33.33 
 
 		 193 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  30.95 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  34.15 
 
 		 284 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2061  hypothetical protein  36.84 
 
 		 204 aa  47  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.324939  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1132  PRC-barrel containing protein  43.55 
 
 		 294 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  29.87 
 
 		 189 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  29.87 
 
 		 213 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  31.82 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  34.12 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5718  PRC-barrel domain-containing protein  30.99 
 
 		 231 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.099038  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  32.56 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  27.42 
 
 		 211 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  28.17 
 
 		 220 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  30.08 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  29.87 
 
 		 115 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  29.29 
 
 		 118 aa  45.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  31.46 
 
 		 177 aa  44.7  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  34.33 
 
 		 190 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  29.41 
 
 		 175 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  26.14 
 
 		 183 aa  43.5  0.0009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  30.99 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0474  PRC-barrel domain-containing protein  32.86 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903154  hitchhiker  0.00309714 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  29.11 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  34.33 
 
 		 190 aa  43.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  29.69 
 
 		 214 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  28.17 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  29.55 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0329  PRC-barrel  23.6 
 
 		 274 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  31.71 
 
 		 169 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  36.21 
 
 		 119 aa  42  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  28.17 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  30.12 
 
 		 255 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  34.78 
 
 		 389 aa  42.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  25.84 
 
 		 234 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  30.38 
 
 		 145 aa  41.6  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  29.07 
 
 		 117 aa  42  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  26.83 
 
 		 160 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  28.05 
 
 		 156 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  30.38 
 
 		 145 aa  41.6  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  26.83 
 
 		 160 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  28.05 
 
 		 156 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  30.91 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  33.9 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3528  PRC-barrel  23.91 
 
 		 270 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.16044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5636  PRC-barrel domain protein  31.58 
 
 		 161 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.640165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>