135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1094 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1094  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
221 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.35 
 
 
217 aa  165  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.218738  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.11 
 
 
194 aa  86.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0266504  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4393  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
194 aa  71.2  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.826665 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  25.68 
 
 
186 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
184 aa  62.4  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0386659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0501  RNA polymerase sigma factor SigZ  23.84 
 
 
180 aa  60.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
204 aa  59.3  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0311504  normal  0.887248 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2845  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
174 aa  58.9  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470514  normal  0.0105588 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
175 aa  56.6  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2514  RNA polymerase sigma factor SigZ  24.68 
 
 
179 aa  56.2  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.75636  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.06 
 
 
183 aa  55.5  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0456  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.8 
 
 
192 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.418666  normal  0.546035 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2634  sigma-70 region 2  28.76 
 
 
185 aa  53.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.389138  normal  0.692969 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.23 
 
 
201 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3189  sigma-24 (FecI-like)  26.4 
 
 
196 aa  53.1  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2391  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
173 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  26.9 
 
 
183 aa  52.8  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  30.67 
 
 
269 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  31.54 
 
 
257 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.37 
 
 
197 aa  52.8  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3087  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.89 
 
 
187 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  28.31 
 
 
187 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  28.31 
 
 
187 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  29.71 
 
 
260 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  29.71 
 
 
260 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  30.43 
 
 
253 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 
211 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  29.33 
 
 
282 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.57 
 
 
246 aa  49.3  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.25 
 
 
187 aa  49.3  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  27.71 
 
 
192 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  28.67 
 
 
179 aa  49.3  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1696  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.15 
 
 
186 aa  48.9  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.426925  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2728  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
212 aa  48.5  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.46 
 
 
209 aa  48.5  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  28.47 
 
 
179 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0946  RNA polymerase sigma factor  24.83 
 
 
188 aa  47.4  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.49056 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  24.03 
 
 
204 aa  47.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.84 
 
 
183 aa  47  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.22 
 
 
209 aa  47.4  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.32 
 
 
248 aa  47  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  23.32 
 
 
238 aa  47.4  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1768  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.25 
 
 
198 aa  47.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2888  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.26 
 
 
173 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00695111  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03122  RNA polymerase sigma factor  25.95 
 
 
197 aa  46.6  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0795  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.71 
 
 
194 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  27.59 
 
 
193 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  24 
 
 
199 aa  46.6  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5371  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.89 
 
 
182 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0304187 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3448  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.86 
 
 
184 aa  46.2  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.8 
 
 
173 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.247162  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
168 aa  45.8  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
168 aa  45.8  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  25.43 
 
 
248 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2950  sigma-70 region 2  28.4 
 
 
180 aa  45.4  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.27 
 
 
219 aa  45.8  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2730  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.86 
 
 
174 aa  45.4  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.27 
 
 
192 aa  45.4  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.12 
 
 
237 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3014  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.47 
 
 
211 aa  45.4  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.608235  normal  0.939252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2365  sigma-24 (FecI-like)  26.42 
 
 
188 aa  45.4  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000514785  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.24 
 
 
204 aa  45.4  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.22 
 
 
212 aa  45.4  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2802  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 
173 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.27 
 
 
384 aa  45.4  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.46169  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.22 
 
 
209 aa  45.4  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.06 
 
 
215 aa  45.1  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5390  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.16 
 
 
186 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.832628 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.17 
 
 
201 aa  45.1  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  24.86 
 
 
172 aa  45.1  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3666  sigma-24 (FecI)  29.56 
 
 
168 aa  44.7  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000713997  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  24.54 
 
 
187 aa  44.7  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0249  sigma-24 (FecI-like)  27.41 
 
 
185 aa  45.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.58233 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.95 
 
 
187 aa  44.7  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.33 
 
 
201 aa  44.7  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.01 
 
 
223 aa  45.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3928  RNA polymerase sigma factor  25.91 
 
 
211 aa  44.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.9635 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.13 
 
 
184 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.86 
 
 
172 aa  44.3  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.86 
 
 
248 aa  44.3  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  27.61 
 
 
181 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  20.83 
 
 
209 aa  44.7  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2303  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.16 
 
 
186 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1836  sigma-24 (FecI)  26.17 
 
 
191 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  27.61 
 
 
181 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  27.61 
 
 
182 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19450  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  22.99 
 
 
239 aa  44.3  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.880507  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1159  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.67 
 
 
234 aa  44.3  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.920505  normal  0.305303 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  21.52 
 
 
295 aa  43.9  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.63 
 
 
234 aa  43.5  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7737  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.14 
 
 
255 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  28.77 
 
 
193 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3165  RNA polymerase sigma factor  27.7 
 
 
171 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.31 
 
 
199 aa  43.5  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3639  sigma-24 (FecI-like)  27.45 
 
 
176 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.08 
 
 
213 aa  43.5  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  26.37 
 
 
198 aa  43.1  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.25 
 
 
226 aa  43.5  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.38 
 
 
201 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>