More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4484 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
193 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  84.38 
 
 
193 aa  317  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  67.21 
 
 
192 aa  239  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  65.03 
 
 
187 aa  232  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  65.03 
 
 
187 aa  231  6e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3928  RNA polymerase sigma factor  67.61 
 
 
211 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.9635 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3822  RNA polymerase sigma factor  55.68 
 
 
176 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3095  RNA polymerase sigma factor  55.68 
 
 
176 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  49.73 
 
 
179 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
179 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3671  RNA polymerase sigma factor  53.33 
 
 
177 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568526  normal  0.645134 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6218  ECF family sigma factor  52.9 
 
 
199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3666  sigma-24 (FecI)  43.31 
 
 
168 aa  124  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000713997  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.05 
 
 
181 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1254  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.09 
 
 
171 aa  122  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3197  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.57 
 
 
173 aa  121  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000871623  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2391  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.3 
 
 
173 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.94 
 
 
172 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0163873 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0032  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.94 
 
 
173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00832626  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0008  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.94 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.67 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0118305  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.58 
 
 
173 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  43.18 
 
 
183 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.3 
 
 
173 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00630554  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.51 
 
 
167 aa  118  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0011  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.3 
 
 
173 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0275679  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2888  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.65 
 
 
173 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00695111  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0016  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.3 
 
 
172 aa  117  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000257028  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0294  ECF sigma factor PrtI  44 
 
 
171 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000544982  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44 
 
 
171 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2802  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.65 
 
 
173 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44 
 
 
171 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  42.47 
 
 
197 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.67 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.247162  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  40.13 
 
 
185 aa  115  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.51 
 
 
179 aa  116  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.891873  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.92 
 
 
227 aa  114  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  45.77 
 
 
165 aa  114  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  40.27 
 
 
182 aa  114  7.999999999999999e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.06 
 
 
224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  44.59 
 
 
172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.92 
 
 
172 aa  110  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  38.93 
 
 
187 aa  110  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
171 aa  110  9e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472204 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.16 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.49 
 
 
231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  43.84 
 
 
166 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.61 
 
 
166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2755  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.16 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
173 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
173 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
173 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  46.41 
 
 
162 aa  109  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.21 
 
 
176 aa  109  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
173 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
173 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
173 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
173 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.14 
 
 
172 aa  108  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
176 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.33 
 
 
163 aa  107  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
190 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5735  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.38 
 
 
170 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  36.6 
 
 
183 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  38.31 
 
 
181 aa  106  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.79 
 
 
175 aa  106  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.57 
 
 
176 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.86 
 
 
185 aa  106  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.07 
 
 
240 aa  106  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  38.31 
 
 
181 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  38.96 
 
 
181 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  38.31 
 
 
182 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  41.89 
 
 
176 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.42 
 
 
243 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  38.31 
 
 
181 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  39.58 
 
 
180 aa  105  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.41 
 
 
240 aa  105  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5400  RNA polymerase sigma M factor  38.36 
 
 
165 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
168 aa  104  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
168 aa  104  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  38.26 
 
 
278 aa  104  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.41 
 
 
250 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  40.88 
 
 
168 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
263 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  40 
 
 
202 aa  103  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.54 
 
 
172 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.14 
 
 
198 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.88 
 
 
168 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.57 
 
 
227 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.84 
 
 
271 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.86 
 
 
183 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.07 
 
 
181 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1220  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.4 
 
 
167 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0980579 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.71 
 
 
201 aa  103  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.93 
 
 
181 aa  102  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
244 aa  102  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
246 aa  102  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.2 
 
 
256 aa  102  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.85 
 
 
162 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>