More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3284 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  491  9.999999999999999e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3769  hypothetical protein  85.71 
 
 
440 aa  299  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.96163  normal  0.0729973 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  51.39 
 
 
251 aa  244  8e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  50.2 
 
 
249 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
253 aa  232  5e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  47.81 
 
 
255 aa  231  1e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
270 aa  223  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
256 aa  222  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.95 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
248 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  49.19 
 
 
253 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  48.37 
 
 
253 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  48.37 
 
 
253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  50.2 
 
 
262 aa  215  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 
253 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  47.6 
 
 
256 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  48.58 
 
 
253 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
267 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  47.56 
 
 
253 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
251 aa  209  3e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
251 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
252 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  47.39 
 
 
253 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
258 aa  205  5e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
252 aa  205  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
249 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.2 
 
 
274 aa  202  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
272 aa  202  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
253 aa  202  5e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.88 
 
 
265 aa  202  6e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
248 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.71 
 
 
247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
257 aa  198  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  45.78 
 
 
248 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
249 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
248 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
250 aa  192  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
250 aa  192  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 
252 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
250 aa  191  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  47.77 
 
 
253 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.75 
 
 
246 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
253 aa  189  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
263 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
252 aa  188  5e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
253 aa  188  5.999999999999999e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.75 
 
 
246 aa  188  8e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
258 aa  187  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
252 aa  187  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 
254 aa  187  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1357  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.29 
 
 
250 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.35686e-16  hitchhiker  0.0000092144 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
255 aa  186  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
252 aa  185  5e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
258 aa  182  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.28 
 
 
262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  42.92 
 
 
255 aa  181  8.000000000000001e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
255 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
246 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
255 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
258 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
258 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  43.09 
 
 
247 aa  180  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
258 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
262 aa  179  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  46.18 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
249 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
257 aa  178  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
255 aa  178  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
246 aa  178  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  42.68 
 
 
247 aa  177  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
276 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
253 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
261 aa  175  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
255 aa  175  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
255 aa  174  8e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.13 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.13 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.84 
 
 
247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
260 aa  172  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.98 
 
 
250 aa  172  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  47.77 
 
 
249 aa  171  6.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.5 
 
 
246 aa  171  9e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>