87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3009 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2673  hypothetical protein  55.83 
 
 		 698 aa  644    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.749079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3009  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 695 aa  1278    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0558706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2546  hypothetical protein  89.07 
 
 		 676 aa  854    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000686535  normal  0.24215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.34 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.12 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0616  transcriptional regulator-like protein  41.25 
 
 		 369 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501695  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  24.17 
 
 		 313 aa  56.6  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0581  transcriptional regulator-like  40 
 
 		 367 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0608  transcriptional regulator-like protein  41.25 
 
 		 364 aa  56.6  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.588838  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.88 
 
 		 230 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.88 
 
 		 230 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  23.7 
 
 		 313 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  23.7 
 
 		 313 aa  55.5  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.7 
 
 		 230 aa  55.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2436  hypothetical protein  45.16 
 
 		 606 aa  54.7  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.57 
 
 		 319 aa  54.7  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.53 
 
 		 232 aa  54.7  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2388  hypothetical protein  45.16 
 
 		 606 aa  54.7  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4033  transcriptional regulator protein-like protein  30.1 
 
 		 511 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.559835  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.53 
 
 		 232 aa  53.9  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.67 
 
 		 242 aa  53.5  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.5 
 
 		 242 aa  53.5  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  28 
 
 		 304 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.68 
 
 		 347 aa  52  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.37 
 
 		 282 aa  52.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4065  transcriptional regulator protein-like protein  30.1 
 
 		 511 aa  52.4  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  51.61 
 
 		 229 aa  51.6  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  36.89 
 
 		 325 aa  52  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.04 
 
 		 317 aa  51.6  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  36.11 
 
 		 326 aa  51.2  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.23 
 
 		 234 aa  50.8  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.82 
 
 		 322 aa  50.8  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  21.05 
 
 		 317 aa  50.4  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  35.37 
 
 		 368 aa  49.7  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  32.11 
 
 		 241 aa  49.7  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.58 
 
 		 227 aa  49.7  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.16 
 
 		 233 aa  49.3  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  28.95 
 
 		 232 aa  48.9  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.33 
 
 		 240 aa  48.9  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.59 
 
 		 298 aa  48.5  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  40.85 
 
 		 663 aa  48.5  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  35.29 
 
 		 329 aa  48.1  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.85 
 
 		 252 aa  48.1  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18550  predicted transcriptional regulator  31.9 
 
 		 341 aa  48.1  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110092  normal  0.0353921 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  34.43 
 
 		 344 aa  48.1  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 335 aa  47.4  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.31 
 
 		 316 aa  47.4  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.1 
 
 		 316 aa  47.4  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.07 
 
 		 233 aa  46.6  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.28 
 
 		 237 aa  47  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  35.29 
 
 		 699 aa  47  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  32 
 
 		 663 aa  46.6  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.25 
 
 		 235 aa  47  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 334 aa  47.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.36 
 
 		 324 aa  47.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  35.96 
 
 		 687 aa  47.4  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5102  hypothetical protein  32.14 
 
 		 609 aa  47  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 334 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2707  hypothetical protein  25.73 
 
 		 603 aa  46.2  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0029913  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.27 
 
 		 318 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.47 
 
 		 299 aa  46.6  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.05 
 
 		 333 aa  46.2  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  27.11 
 
 		 330 aa  45.8  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.94 
 
 		 228 aa  45.8  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2467  transcriptional regulator protein-like protein  32.33 
 
 		 326 aa  45.4  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0469709  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  40.62 
 
 		 336 aa  45.4  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.36 
 
 		 320 aa  45.4  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  41.54 
 
 		 230 aa  45.4  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  22.6 
 
 		 311 aa  45.4  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  30.51 
 
 		 233 aa  45.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.76 
 
 		 230 aa  45.4  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3925  transcriptional regulator-like  39.24 
 
 		 345 aa  45.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6931  hypothetical protein  26.29 
 
 		 313 aa  44.7  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13990  predicted transcriptional regulator  40.54 
 
 		 348 aa  45.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0412748  normal  0.158003 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  39.74 
 
 		 234 aa  44.7  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  39.34 
 
 		 228 aa  44.7  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  30.51 
 
 		 233 aa  44.7  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 675 aa  44.7  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 		 229 aa  44.3  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5074  hypothetical protein  36.36 
 
 		 210 aa  44.3  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  35.94 
 
 		 301 aa  44.3  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.18 
 
 		 339 aa  44.3  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.71 
 
 		 230 aa  44.3  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 309 aa  44.3  0.008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  38.46 
 
 		 316 aa  44.3  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2057  transcriptional regulator-like protein  37.68 
 
 		 320 aa  44.3  0.008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090135  normal  0.188447 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3926  transcriptional regulator-like  36.67 
 
 		 323 aa  44.3  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.816323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>