66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2546 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2546  hypothetical protein  100 
 
 		 676 aa  1244    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000686535  normal  0.24215 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3009  transcriptional regulator-like protein  89.07 
 
 		 695 aa  856    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0558706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2673  hypothetical protein  57.08 
 
 		 698 aa  662    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.749079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.67 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0581  transcriptional regulator-like  41.03 
 
 		 367 aa  58.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0616  transcriptional regulator-like protein  41.03 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501695  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0608  transcriptional regulator-like protein  41.03 
 
 		 364 aa  57.4  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.588838  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.95 
 
 		 230 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.51 
 
 		 230 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.51 
 
 		 230 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  31.94 
 
 		 229 aa  54.7  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.74 
 
 		 230 aa  54.3  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 		 322 aa  53.9  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.56 
 
 		 319 aa  53.9  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  39.8 
 
 		 326 aa  52.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2388  hypothetical protein  39.39 
 
 		 606 aa  52.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2436  hypothetical protein  39.39 
 
 		 606 aa  52.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  36.84 
 
 		 368 aa  52  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.44 
 
 		 235 aa  52  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.58 
 
 		 227 aa  50.4  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.57 
 
 		 347 aa  49.7  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.18 
 
 		 282 aa  49.7  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 304 aa  48.9  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  30 
 
 		 330 aa  48.9  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  29.17 
 
 		 329 aa  48.9  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  31.68 
 
 		 325 aa  48.9  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  41.1 
 
 		 687 aa  49.3  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  34.35 
 
 		 241 aa  48.5  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.68 
 
 		 313 aa  48.1  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18560  predicted transcriptional regulator  34.88 
 
 		 361 aa  47.8  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.0049611  normal  0.0116825 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5102  hypothetical protein  29.33 
 
 		 609 aa  47.8  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  25.82 
 
 		 232 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.46 
 
 		 318 aa  47  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.27 
 
 		 234 aa  47  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  40.58 
 
 		 230 aa  46.6  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  28.97 
 
 		 301 aa  46.2  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.34 
 
 		 299 aa  46.2  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.03 
 
 		 233 aa  46.2  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  39.44 
 
 		 663 aa  46.2  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.14 
 
 		 298 aa  45.8  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7333  transcriptional regulator protein-like protein  38.96 
 
 		 168 aa  45.8  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.36 
 
 		 324 aa  45.4  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.5 
 
 		 316 aa  45.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3926  transcriptional regulator-like  34.62 
 
 		 323 aa  45.8  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.816323  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  45.31 
 
 		 234 aa  45.8  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  32.89 
 
 		 663 aa  45.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.1 
 
 		 316 aa  44.7  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.57 
 
 		 317 aa  45.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.21 
 
 		 230 aa  44.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.8 
 
 		 237 aa  44.7  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 335 aa  45.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4034  transcriptional regulator-like protein  33.65 
 
 		 322 aa  44.7  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0676  hypothetical protein  34.86 
 
 		 206 aa  44.7  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.268937  hitchhiker  0.000000172919 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 334 aa  44.3  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4066  transcriptional regulator-like protein  36.67 
 
 		 322 aa  44.3  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 334 aa  44.3  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.82 
 
 		 252 aa  44.3  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  35.37 
 
 		 699 aa  43.9  0.009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 230 aa  43.9  0.009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1288  hypothetical protein  40.62 
 
 		 327 aa  43.9  0.01  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.5828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5074  hypothetical protein  35.23 
 
 		 210 aa  43.9  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  27.34 
 
 		 337 aa  43.9  0.01  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.38 
 
 		 324 aa  43.9  0.01  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  39.06 
 
 		 336 aa  43.9  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2057  transcriptional regulator-like protein  37.68 
 
 		 320 aa  43.9  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090135  normal  0.188447 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  25.3 
 
 		 320 aa  43.9  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>