More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5360 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5360  putative LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 331 aa  674    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00393465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0431  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.327747 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 310 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.55 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 432 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 301 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  26.69 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.84 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.55 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 297 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 308 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 308 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 318 aa  105  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 307 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  30.65 
 
 		 508 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 309 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 307 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 309 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  26.8 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  25.68 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 507 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 323 aa  102  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  26.27 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>