More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3915 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3915  transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  556  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504106  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3701  regulatory protein, IclR  83.83 
 
 		 268 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.228275  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1166  IclR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1817  IclR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 260 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109987  normal  0.0137761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4086  transcriptional regulator, IclR family  35.88 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2596  IclR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.800266  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0530  regulatory protein, IclR  34.73 
 
 		 265 aa  149  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3880  regulatory protein, IclR  34.15 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3643  putative transcriptional regulator  37.9 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6216  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121884  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1745  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622838  normal  0.0427002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4239  transcriptional regulator, IclR family  34.4 
 
 		 288 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2498  regulatory proteins, IclR  34.15 
 
 		 635 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0532192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2225  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0093457  normal  0.42104 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43430  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3554  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 292 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.537366  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6215  transcriptional regulator, IclR family  32.94 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0806  IclR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 267 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1231  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.418488 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0754  IclR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2652  IclR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1174  IclR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 281 aa  128  8.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0720169  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0752  transcriptional regulator, IclR family  33.72 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238531  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1818  IclR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  0.0123424 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7075  IclR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 273 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0221  IclR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.200996  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0201  IclR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  33.2 
 
 		 267 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0022  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 267 aa  119  7e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3662  regulatory protein, IclR  30.74 
 
 		 309 aa  118  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0707  transcriptional regulator, IclR family  33.6 
 
 		 274 aa  118  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0780605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0773  transcriptional regulator, IclR family  34.29 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.424221  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1391  IclR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3221  IclR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00625745  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2063  IclR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 263 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2437  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 274 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.404783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2680  IclR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1929  IclR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0847  IclR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3235  IclR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3183  IclR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 267 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0757  putative transcription regulator protein  33.85 
 
 		 273 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4732  IclR family transcriptional regulator family  33.07 
 
 		 274 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0612254  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0111  regulatory proteins, IclR  29.22 
 
 		 262 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.905367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1670  regulatory protein, IclR  29.63 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0894994  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1082  IclR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.400531  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0695  IclR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2569  IclR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0712  IclR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3907  IclR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 263 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0128  transcriptional regulator, IclR family  28.81 
 
 		 262 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.812702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0814  IclR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 263 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0783  IclR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 263 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0331  IclR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 263 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0267  IclR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 268 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0691  IclR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3903  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 272 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0979619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0777  transcriptional regulator, IclR family  34.26 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.866752 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1215  IclR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 270 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.39348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7316  IclR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3981  IclR family transcriptional regulator family  28.57 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010992 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1055  IclR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 281 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5157  IclR family transcriptional regulator family  28.81 
 
 		 270 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7626  IclR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 277 aa  97.8  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  0.825014 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7315  IclR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 262 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  28.43 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1134  regulatory proteins, IclR  33.5 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.458638 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  28.16 
 
 		 261 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3946  transcriptional regulator, IclR family  26.67 
 
 		 321 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7144  IclR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 260 aa  93.2  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.563909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1596  transcriptional regulator, IclR family  32.5 
 
 		 312 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0362  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 265 aa  92.8  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4595  regulatory protein, IclR  32.04 
 
 		 268 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2112  IclR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3308  regulatory proteins, IclR  26.03 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  28.03 
 
 		 274 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3572  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 328 aa  89  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3170  IclR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5773  transcriptional regulator, IclR family  30.73 
 
 		 263 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.501857 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0227  transcriptional regulator, IclR family  26.75 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.580267  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 278 aa  85.5  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3098  IclR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 323 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374311  normal  0.0683375 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1173  IclR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 274 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0673646 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0720  IclR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 274 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1199  IclR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 274 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.960653  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2103  IclR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4308  IclR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000933237  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1081  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1502  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 275 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.142531  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2865  transcriptional regulator, putative  26.53 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1370  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 275 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557476  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1366  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 275 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0501945  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 267 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1930  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 261 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6045  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.820447 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>