More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0362 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0362  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
265 aa  545  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1082  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.400531  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3662  regulatory protein, IclR  37.92 
 
 
309 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2225  IclR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
292 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0093457  normal  0.42104 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0530  regulatory protein, IclR  36.08 
 
 
265 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3554  IclR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
292 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.537366  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4239  transcriptional regulator, IclR family  34.77 
 
 
288 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4086  transcriptional regulator, IclR family  34.94 
 
 
283 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1745  IclR family transcriptional regulator  35 
 
 
292 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622838  normal  0.0427002 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2596  IclR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
268 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.800266  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0227  transcriptional regulator, IclR family  35.8 
 
 
291 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.580267  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3170  IclR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
284 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3981  IclR family transcriptional regulator family  34.94 
 
 
280 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.010992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7075  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1817  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109987  normal  0.0137761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0754  IclR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498263  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0814  IclR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0783  IclR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0712  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326731  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0331  IclR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1055  IclR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
281 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55328  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0695  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
263 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2569  IclR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
263 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459905  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3907  IclR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
263 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1391  IclR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  31.98 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2652  IclR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7626  IclR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
277 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  0.825014 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3183  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2063  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2680  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3221  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00625745  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3235  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1929  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6216  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121884  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0847  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0022  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3880  regulatory protein, IclR  32.41 
 
 
268 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0221  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
284 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.200996  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0201  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
284 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0806  IclR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
267 aa  118  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2498  regulatory proteins, IclR  33.2 
 
 
635 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0532192  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2437  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
274 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.404783  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0267  IclR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
268 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3903  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0979619 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1818  IclR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
264 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  0.0123424 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1174  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
281 aa  115  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0720169  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0777  transcriptional regulator, IclR family  32.8 
 
 
261 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.866752 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1231  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
281 aa  115  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.418488 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0752  transcriptional regulator, IclR family  37.3 
 
 
291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238531  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4732  IclR family transcriptional regulator family  36.32 
 
 
274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0612254  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4595  regulatory protein, IclR  37.44 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1134  regulatory proteins, IclR  33.07 
 
 
313 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.458638 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  32.82 
 
 
261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3643  putative transcriptional regulator  30.8 
 
 
284 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43430  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 
288 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1596  transcriptional regulator, IclR family  33.88 
 
 
312 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  31.95 
 
 
280 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6215  transcriptional regulator, IclR family  30.38 
 
 
259 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7315  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
262 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  31.18 
 
 
274 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0707  transcriptional regulator, IclR family  32 
 
 
274 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0780605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0773  transcriptional regulator, IclR family  32 
 
 
275 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.424221  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3098  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
323 aa  99.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374311  normal  0.0683375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
274 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3946  transcriptional regulator, IclR family  28.68 
 
 
321 aa  98.6  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1199  IclR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
274 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.960653  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1173  IclR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
274 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0673646 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1670  regulatory protein, IclR  30.86 
 
 
274 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0894994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
277 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1215  IclR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
270 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.39348  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
278 aa  95.5  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0720  IclR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
274 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2112  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
322 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3308  regulatory proteins, IclR  29.58 
 
 
315 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0757  putative transcription regulator protein  34.51 
 
 
273 aa  93.6  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
278 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1216  IclR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
289 aa  92.4  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3915  transcriptional regulator  33.2 
 
 
270 aa  92.8  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504106  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3572  IclR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
328 aa  92  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2103  IclR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
274 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7585  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
567 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1081  IclR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
230 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4308  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
211 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000933237  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3701  regulatory protein, IclR  30.65 
 
 
268 aa  89  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.228275  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1756  IclR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
262 aa  89  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1370  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
275 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557476  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1502  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
275 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.142531  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2865  transcriptional regulator, putative  28.63 
 
 
306 aa  86.7  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1366  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
275 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0501945  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
286 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0315  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301467  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0976  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1332  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2498  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6045  IclR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
268 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.820447 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0591  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1166  IclR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
288 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1238  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.159312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1311  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>