More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2112 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2112  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  653    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3308  regulatory proteins, IclR  87.71 
 
 		 315 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3946  transcriptional regulator, IclR family  75.31 
 
 		 321 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3098  IclR family transcriptional regulator  77.85 
 
 		 323 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374311  normal  0.0683375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3572  IclR family transcriptional regulator  67.3 
 
 		 328 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2225  IclR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0093457  normal  0.42104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4239  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 288 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3554  IclR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.537366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1745  IclR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622838  normal  0.0427002 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4086  transcriptional regulator, IclR family  28.74 
 
 		 283 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2596  IclR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.800266  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1055  IclR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3170  IclR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1817  IclR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 260 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109987  normal  0.0137761 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6216  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121884  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43430  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3643  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0267  IclR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 268 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3662  regulatory protein, IclR  29 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3981  IclR family transcriptional regulator family  30.24 
 
 		 280 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010992 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0227  transcriptional regulator, IclR family  30.4 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.580267  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1134  regulatory proteins, IclR  30.62 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.458638 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0221  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.200996  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0201  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1082  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 268 aa  116  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.400531  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7075  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 273 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  28.92 
 
 		 267 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0022  transcriptional regulator, IclR family  28.92 
 
 		 267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0530  regulatory protein, IclR  29.44 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7626  IclR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  0.825014 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3903  IclR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0979619 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4732  IclR family transcriptional regulator family  37.19 
 
 		 274 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0612254  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0777  transcriptional regulator, IclR family  29.34 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.866752 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2437  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.404783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1670  regulatory protein, IclR  28.46 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0894994  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1596  transcriptional regulator, IclR family  28.1 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0754  IclR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 275 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0712  IclR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 263 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0695  IclR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 263 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  31.67 
 
 		 280 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7315  IclR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 262 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0331  IclR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0783  IclR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0814  IclR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3701  regulatory protein, IclR  27.39 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.228275  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0752  transcriptional regulator, IclR family  31.37 
 
 		 291 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238531  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1502  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 275 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.142531  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1366  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 275 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0501945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1370  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 275 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557476  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2063  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 263 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3183  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 267 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2569  IclR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 263 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3235  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3221  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 267 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00625745  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3907  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 263 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2680  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 267 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0847  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 267 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2865  transcriptional regulator, putative  30.59 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1818  IclR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 264 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  0.0123424 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1929  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 267 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0128  transcriptional regulator, IclR family  28.19 
 
 		 262 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.812702  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0111  regulatory proteins, IclR  27.8 
 
 		 262 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.905367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3880  regulatory protein, IclR  28.88 
 
 		 268 aa  99.4  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1391  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 263 aa  99.4  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5157  IclR family transcriptional regulator family  28.79 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2498  regulatory proteins, IclR  25.69 
 
 		 635 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0532192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  29.48 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1231  IclR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 281 aa  96.7  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.418488 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4222  IclR family transcriptional regulator family  29.92 
 
 		 266 aa  96.3  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0362  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 265 aa  94.7  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0691  IclR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 260 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6215  transcriptional regulator, IclR family  29.1 
 
 		 259 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6045  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 268 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.820447 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1199  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 274 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.960653  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1756  IclR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 262 aa  92.8  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1173  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 274 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0673646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 278 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 274 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3915  transcriptional regulator  26.45 
 
 		 270 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504106  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0720  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 274 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0806  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2652  IclR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 274 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1174  IclR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 281 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0720169  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2103  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 274 aa  89.7  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7316  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  26.64 
 
 		 261 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  27.53 
 
 		 275 aa  86.7  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4595  regulatory protein, IclR  28.26 
 
 		 268 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4308  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000933237  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1081  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0773  transcriptional regulator, IclR family  26.92 
 
 		 275 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.424221  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7585  IclR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 567 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7144  IclR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.563909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0707  transcriptional regulator, IclR family  27.49 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0780605 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2995  transcriptional regulator, IclR family  21.29 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.71341e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2785  IclR family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253598  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2997  IclR family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6258  transcriptional regulator, IclR family  29.25 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>