More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3946 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3946  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 321 aa  652    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2112  IclR family transcriptional regulator  75.31 
 
 		 322 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3098  IclR family transcriptional regulator  72.62 
 
 		 323 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374311  normal  0.0683375 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3308  regulatory proteins, IclR  72.53 
 
 		 315 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3572  IclR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 328 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4086  transcriptional regulator, IclR family  30.77 
 
 		 283 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2225  IclR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0093457  normal  0.42104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4239  transcriptional regulator, IclR family  30.63 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3170  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1745  IclR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622838  normal  0.0427002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0227  transcriptional regulator, IclR family  30.99 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.580267  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3662  regulatory protein, IclR  30.3 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2596  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 268 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.800266  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6216  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121884  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3554  IclR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.537366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1055  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1817  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109987  normal  0.0137761 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3981  IclR family transcriptional regulator family  30.49 
 
 		 280 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010992 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0530  regulatory protein, IclR  31.17 
 
 		 265 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0752  transcriptional regulator, IclR family  33.45 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0267  IclR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3643  putative transcriptional regulator  28.05 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  29.72 
 
 		 267 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0022  transcriptional regulator, IclR family  29.72 
 
 		 267 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43430  IclR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1082  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 268 aa  113  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.400531  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7075  IclR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 273 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4732  IclR family transcriptional regulator family  36.1 
 
 		 274 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0612254  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1134  regulatory proteins, IclR  30.04 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.458638 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7626  IclR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 277 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  0.825014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0128  transcriptional regulator, IclR family  30.28 
 
 		 262 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.812702  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0111  regulatory proteins, IclR  29.88 
 
 		 262 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.905367 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0754  IclR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 275 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1596  transcriptional regulator, IclR family  28.93 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5157  IclR family transcriptional regulator family  31.87 
 
 		 270 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0221  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.200996  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0691  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0201  IclR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7315  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1366  IclR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0501945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1370  IclR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557476  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1502  IclR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.142531  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3903  IclR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0979619 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2865  transcriptional regulator, putative  30.37 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1670  regulatory protein, IclR  27.6 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0894994  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  28.8 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0777  transcriptional regulator, IclR family  28.93 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.866752 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2437  IclR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 274 aa  99.4  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.404783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 278 aa  99.4  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0712  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 263 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0362  IclR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 265 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2063  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 263 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3701  regulatory protein, IclR  25.83 
 
 		 268 aa  96.7  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.228275  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  29.88 
 
 		 280 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3221  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 267 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00625745  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0847  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 267 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1929  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 267 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2680  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 267 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3183  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 267 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0695  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 263 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2498  regulatory proteins, IclR  25.2 
 
 		 635 aa  95.9  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0532192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3235  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 312 aa  95.9  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 278 aa  95.9  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2569  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 263 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1391  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 263 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3880  regulatory protein, IclR  29.01 
 
 		 268 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0814  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 263 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0331  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 263 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0783  IclR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 263 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1231  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 281 aa  93.6  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.418488 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3915  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 270 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504106  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1818  IclR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 264 aa  92.8  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  0.0123424 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1174  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 281 aa  92  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0720169  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3907  IclR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 263 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1199  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 274 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.960653  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6215  transcriptional regulator, IclR family  26.83 
 
 		 259 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4222  IclR family transcriptional regulator family  31.3 
 
 		 266 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1173  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 274 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0673646 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 274 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0720  IclR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 274 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6045  IclR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 268 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.820447 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2103  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 274 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7585  IclR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 567 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  25.6 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7316  IclR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1756  IclR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1081  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  24.81 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2652  IclR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  24.77 
 
 		 257 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7144  IclR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.563909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0773  transcriptional regulator, IclR family  27.63 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.424221  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0806  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2760  hypothetical protein  27.01 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.202707  normal  0.0135051 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4308  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000933237  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1537  regulatory protein, IclR  23.66 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4595  regulatory protein, IclR  32.89 
 
 		 268 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1215  IclR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 270 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.39348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6258  transcriptional regulator, IclR family  29.86 
 
 		 254 aa  75.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0707  transcriptional regulator, IclR family  27.6 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0780605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>