More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3284 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  73.71 
 
 		 503 aa  747    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 510 aa  1041    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  62.43 
 
 		 504 aa  621  1e-177  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  61.69 
 
 		 524 aa  594  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  61.06 
 
 		 532 aa  592  1e-168  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  56.67 
 
 		 508 aa  565  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  56.69 
 
 		 508 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  56.3 
 
 		 508 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  55.62 
 
 		 508 aa  535  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  55.51 
 
 		 505 aa  534  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  55.56 
 
 		 502 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  49.51 
 
 		 537 aa  465  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  50.3 
 
 		 494 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  50.5 
 
 		 494 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  51.38 
 
 		 489 aa  449  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  50.5 
 
 		 494 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  50.59 
 
 		 493 aa  430  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  44.65 
 
 		 551 aa  369  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  39.43 
 
 		 536 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  39.62 
 
 		 529 aa  322  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  38.13 
 
 		 533 aa  321  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  38.61 
 
 		 536 aa  320  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  39.24 
 
 		 532 aa  312  7.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 556 aa  306  6e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  37.88 
 
 		 531 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  36.7 
 
 		 542 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  38.48 
 
 		 517 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  35.6 
 
 		 533 aa  289  9e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  35.06 
 
 		 545 aa  288  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  36.26 
 
 		 545 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  36.02 
 
 		 549 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 		 487 aa  286  5.999999999999999e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  35.52 
 
 		 514 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.99 
 
 		 503 aa  278  2e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 		 516 aa  276  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 		 511 aa  276  8e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 		 517 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 532 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 521 aa  271  2e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 525 aa  270  5e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  38.72 
 
 		 514 aa  269  7e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.79 
 
 		 520 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 530 aa  267  4e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 517 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 519 aa  266  5e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  38.77 
 
 		 502 aa  266  8.999999999999999e-70  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 518 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  36.35 
 
 		 528 aa  263  8e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 517 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 517 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 516 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 518 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8226  AMP-dependent synthetase and ligase  37.47 
 
 		 515 aa  260  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 		 514 aa  259  7e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 515 aa  259  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.81 
 
 		 565 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 520 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 		 519 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 531 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 515 aa  257  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.15 
 
 		 525 aa  257  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 		 512 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  36.6 
 
 		 524 aa  257  4e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 518 aa  257  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 518 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 510 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 510 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 510 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 510 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 521 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 509 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 510 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 510 aa  254  3e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 510 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 510 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 515 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 517 aa  253  7e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  34.89 
 
 		 510 aa  252  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.78 
 
 		 510 aa  252  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  33.95 
 
 		 520 aa  252  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 520 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 		 507 aa  251  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.35 
 
 		 524 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 519 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 534 aa  251  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 518 aa  251  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 510 aa  251  3e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 499 aa  250  4e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 515 aa  250  4e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 515 aa  250  4e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 518 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  34.56 
 
 		 521 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 509 aa  249  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 508 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 520 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 508 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  34.42 
 
 		 506 aa  247  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 517 aa  247  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>