More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0296 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  629  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 		 305 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 310 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 339 aa  316  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 307 aa  305  7e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 303 aa  259  6e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 317 aa  162  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.36 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 432 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.62 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  30.8 
 
 		 347 aa  125  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  125  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  31.29 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.06 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 306 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 308 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 314 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  32.44 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  29.29 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  27.8 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 333 aa  119  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.31 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.22 
 
 		 330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 301 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 331 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 320 aa  115  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 306 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  31.14 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 317 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  31.65 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.28 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>