More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3710 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  96.63 
 
 		 444 aa  873    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  82.65 
 
 		 416 aa  719    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  71.66 
 
 		 642 aa  643    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 445 aa  902    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  82.62 
 
 		 420 aa  709    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1356  transcription termination factor Rho  76.73 
 
 		 417 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00013646  hitchhiker  0.000000585861 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1189  transcription termination factor  66.35 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000172016  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1215  transcription termination factor Rho  66.35 
 
 		 424 aa  565  1e-160  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000539864  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18010  transcription termination factor Rho  61.78 
 
 		 418 aa  533  1e-150  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  61.59 
 
 		 436 aa  533  1e-150  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  60.44 
 
 		 450 aa  526  1e-148  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  60.87 
 
 		 415 aa  526  1e-148  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  59.52 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  60.24 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  60.24 
 
 		 415 aa  524  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  62.62 
 
 		 434 aa  524  1e-147  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  60.24 
 
 		 415 aa  524  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  59.1 
 
 		 437 aa  523  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  60.24 
 
 		 415 aa  524  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  60.14 
 
 		 457 aa  520  1e-146  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  59.52 
 
 		 415 aa  518  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  61.84 
 
 		 424 aa  520  1e-146  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  61.89 
 
 		 423 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  61.35 
 
 		 424 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 653 aa  517  1.0000000000000001e-145  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  61.17 
 
 		 423 aa  512  1e-144  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  61.17 
 
 		 423 aa  512  1e-144  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  59.66 
 
 		 414 aa  513  1e-144  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  58.55 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  61.17 
 
 		 423 aa  512  1e-144  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  61.17 
 
 		 423 aa  511  1e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5181  transcription termination factor Rho  60.92 
 
 		 423 aa  510  1e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21574  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  60.92 
 
 		 423 aa  510  1e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  60.92 
 
 		 423 aa  510  1e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5575  transcription termination factor Rho  60.92 
 
 		 423 aa  510  1e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000155129  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  61.17 
 
 		 423 aa  511  1e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 425 aa  511  1e-143  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2875  transcription termination factor Rho  59.61 
 
 		 414 aa  505  9.999999999999999e-143  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000596182  hitchhiker  0.0000000051711 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  60.92 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  58.31 
 
 		 415 aa  502  1e-141  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  65.93 
 
 		 605 aa  502  1e-141  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  65.83 
 
 		 690 aa  501  1e-140  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  59.27 
 
 		 415 aa  495  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 644 aa  497  1e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 418 aa  498  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1553  transcription termination factor Rho  57.11 
 
 		 447 aa  497  1e-139  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000288549  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  64.01 
 
 		 679 aa  497  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  57.45 
 
 		 418 aa  497  1e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  57.45 
 
 		 418 aa  497  1e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  57.73 
 
 		 415 aa  496  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 419 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  58.41 
 
 		 416 aa  491  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  56.7 
 
 		 419 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  58.43 
 
 		 508 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1393  transcription termination factor Rho  55.58 
 
 		 423 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.107129  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  64.56 
 
 		 676 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  56.12 
 
 		 421 aa  488  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2402  transcription termination factor Rho  60.57 
 
 		 429 aa  490  1e-137  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  57.18 
 
 		 419 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2157  transcription termination factor Rho  59.46 
 
 		 438 aa  489  1e-137  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.894966  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 		 421 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  56.35 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  56.9 
 
 		 433 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2195  transcription termination factor Rho  59.46 
 
 		 438 aa  489  1e-137  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00569958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  57.18 
 
 		 419 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  57.55 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  56.94 
 
 		 422 aa  488  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3002  transcription termination factor Rho  56.22 
 
 		 420 aa  485  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2863  transcription termination factor Rho  56.22 
 
 		 420 aa  485  1e-136  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  56.43 
 
 		 419 aa  485  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  55.98 
 
 		 418 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 		 421 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 		 421 aa  488  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  55.95 
 
 		 418 aa  488  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  55.98 
 
 		 418 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  56.19 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 421 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0281  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 422 aa  487  1e-136  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.697975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  56.46 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  56.46 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1728  transcription termination factor Rho  58.05 
 
 		 438 aa  482  1e-135  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00025665  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  56.46 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  56.7 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  56.7 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  55.95 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0337  transcription termination factor Rho  56.06 
 
 		 421 aa  481  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  56.06 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  55.64 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0512  transcription termination factor Rho  56.53 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.855654  hitchhiker  0.00605573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  56.06 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  56.29 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  63.74 
 
 		 704 aa  481  1e-135  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  56.06 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  55.58 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  54.52 
 
 		 450 aa  483  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  54.52 
 
 		 450 aa  482  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  55.24 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  55.82 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  57.69 
 
 		 449 aa  484  1e-135  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>