More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3281 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
319 aa  646    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.58 
 
 
319 aa  570  1e-161  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.35 
 
 
324 aa  361  1e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.41 
 
 
342 aa  298  8e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.98 
 
 
326 aa  285  9e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  38.04 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  38.04 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  38.04 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  38.04 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  38.04 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  38.04 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  37.73 
 
 
337 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.85 
 
 
322 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.62 
 
 
322 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.44 
 
 
320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.97 
 
 
294 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.97 
 
 
294 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.5 
 
 
315 aa  209  4e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  39.12 
 
 
304 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  38.61 
 
 
303 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  36.04 
 
 
343 aa  202  7e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  36.64 
 
 
344 aa  200  3e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  36.88 
 
 
318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  35.82 
 
 
345 aa  196  3e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  37.74 
 
 
319 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 
321 aa  195  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
334 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 
303 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.34 
 
 
322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.77 
 
 
298 aa  178  9e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.73 
 
 
338 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
327 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0524075  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.84 
 
 
323 aa  160  4e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.53 
 
 
323 aa  159  8e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 
306 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
326 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  32.69 
 
 
317 aa  155  6e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.39 
 
 
322 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  36.39 
 
 
322 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.39 
 
 
322 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 
413 aa  155  1e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 
411 aa  154  2e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.64 
 
 
417 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
334 aa  153  4e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
328 aa  152  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.39 
 
 
338 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.39 
 
 
338 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  36.39 
 
 
338 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
326 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 
335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
323 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  35.41 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
326 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.27 
 
 
409 aa  144  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.31 
 
 
326 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
333 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
326 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
326 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
327 aa  142  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
315 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.96 
 
 
335 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
326 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.13 
 
 
306 aa  139  7.999999999999999e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.07 
 
 
335 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
334 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
332 aa  136  4e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
336 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
305 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.53 
 
 
324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.26 
 
 
335 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
303 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  32.88 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.47 
 
 
330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.01 
 
 
364 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.848002 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.76 
 
 
321 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.71 
 
 
335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 
329 aa  126  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
288 aa  126  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
304 aa  125  8.000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.14 
 
 
303 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34 
 
 
316 aa  125  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.84 
 
 
325 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.29 
 
 
344 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
290 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.46 
 
 
340 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2872  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.58 
 
 
340 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
311 aa  123  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>