More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1924 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
364 aa  741    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.848002 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  52.39 
 
 
373 aa  390  1e-107  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.33 
 
 
363 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.51 
 
 
367 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.48 
 
 
368 aa  371  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.14 
 
 
361 aa  370  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  52.75 
 
 
356 aa  367  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.67 
 
 
359 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.46 
 
 
356 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.211696  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.59 
 
 
362 aa  366  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.47 
 
 
371 aa  364  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.78 
 
 
362 aa  364  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 
361 aa  364  2e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.66 
 
 
354 aa  362  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.19 
 
 
353 aa  360  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51 
 
 
354 aa  360  3e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.58 
 
 
356 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
360 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
363 aa  352  4e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.7 
 
 
345 aa  352  5e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.33 
 
 
362 aa  351  1e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.45 
 
 
361 aa  351  1e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.52 
 
 
364 aa  350  2e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.59 
 
 
372 aa  349  3e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.6 
 
 
352 aa  349  4e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.73 
 
 
361 aa  349  5e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
373 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
373 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
373 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
373 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
373 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.86 
 
 
373 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43847  predicted protein  49.86 
 
 
362 aa  348  1e-94  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.379971  normal  0.189398 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.23 
 
 
349 aa  348  1e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  50.43 
 
 
361 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  47.58 
 
 
373 aa  346  3e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
373 aa  346  3e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
373 aa  346  3e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
373 aa  346  3e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
373 aa  346  3e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
373 aa  346  3e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
373 aa  346  3e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.18 
 
 
351 aa  347  3e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.3 
 
 
360 aa  346  4e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.57 
 
 
373 aa  345  5e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.71 
 
 
372 aa  345  5e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50 
 
 
361 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25417  gdp-mannose 4,6-dehydratase  48.41 
 
 
363 aa  343  2.9999999999999997e-93  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.807653  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.41 
 
 
342 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.56 
 
 
371 aa  342  4e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0626  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.23 
 
 
349 aa  342  8e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.41 
 
 
360 aa  341  9e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.01 
 
 
400 aa  341  1e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.11 
 
 
367 aa  341  1e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50 
 
 
360 aa  341  1e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.7 
 
 
360 aa  340  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.82 
 
 
369 aa  340  2e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.29 
 
 
374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.93 
 
 
382 aa  338  8e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.31 
 
 
353 aa  338  9e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.96 
 
 
360 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
355 aa  337  9.999999999999999e-92  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.62 
 
 
380 aa  337  9.999999999999999e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.8 
 
 
397 aa  337  9.999999999999999e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.98 
 
 
372 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.03 
 
 
387 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.54 
 
 
350 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
349 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.34 
 
 
367 aa  335  5.999999999999999e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.04 
 
 
379 aa  335  7e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13991  gdpmannose 4,6-dehydratase  46.24 
 
 
380 aa  334  1e-90  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.193432  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  48.08 
 
 
401 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48 
 
 
375 aa  334  1e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02910  GDP-D-mannose dehydratase  45.2 
 
 
372 aa  333  2e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
374 aa  334  2e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.77 
 
 
379 aa  333  3e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
375 aa  332  6e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.18 
 
 
381 aa  332  8e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.98 
 
 
370 aa  332  9e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  47.28 
 
 
374 aa  331  1e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.93 
 
 
388 aa  331  1e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1790  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.44 
 
 
372 aa  330  2e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.41 
 
 
372 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.53 
 
 
383 aa  330  3e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.58 
 
 
358 aa  330  3e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.99 
 
 
373 aa  329  4e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.08 
 
 
367 aa  329  4e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.41 
 
 
371 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.56 
 
 
339 aa  328  6e-89  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.28 
 
 
372 aa  328  8e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  47.85 
 
 
372 aa  328  9e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.66 
 
 
365 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0589  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.78 
 
 
380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155049  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.71 
 
 
373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.99 
 
 
372 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  45.53 
 
 
370 aa  326  5e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.86 
 
 
373 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.86 
 
 
373 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1312  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.96 
 
 
369 aa  325  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.26 
 
 
370 aa  323  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>