More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3210 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
349 aa  728    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.52 
 
 
349 aa  609  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0626  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.53 
 
 
349 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.23 
 
 
351 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  68.93 
 
 
373 aa  503  1e-141  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.72 
 
 
364 aa  501  1e-141  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.63 
 
 
361 aa  504  1e-141  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.51 
 
 
368 aa  498  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.57 
 
 
353 aa  500  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.05 
 
 
345 aa  498  1e-140  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.28 
 
 
362 aa  494  1e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.86 
 
 
360 aa  495  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.14 
 
 
361 aa  494  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.47 
 
 
372 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.19 
 
 
363 aa  491  1e-137  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.18 
 
 
362 aa  489  1e-137  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.71 
 
 
360 aa  488  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.86 
 
 
338 aa  486  1e-136  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.43 
 
 
360 aa  487  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66 
 
 
360 aa  487  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.9 
 
 
361 aa  487  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.14 
 
 
360 aa  486  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.76 
 
 
369 aa  486  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.69 
 
 
371 aa  481  1e-135  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.26 
 
 
363 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  64.35 
 
 
361 aa  478  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.74 
 
 
360 aa  478  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.42 
 
 
362 aa  475  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.96 
 
 
367 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  62.99 
 
 
373 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.99 
 
 
373 aa  471  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.79 
 
 
361 aa  472  1e-132  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.99 
 
 
373 aa  471  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.41 
 
 
382 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.99 
 
 
373 aa  471  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1407  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.67 
 
 
384 aa  472  1e-132  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000685892  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.97 
 
 
372 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.04 
 
 
382 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.9 
 
 
342 aa  471  1e-132  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.99 
 
 
373 aa  471  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.99 
 
 
373 aa  471  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.64 
 
 
359 aa  473  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.99 
 
 
373 aa  471  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.28 
 
 
362 aa  471  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.28 
 
 
362 aa  473  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
371 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.71 
 
 
373 aa  469  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.77 
 
 
361 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.37 
 
 
352 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.11 
 
 
400 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.8 
 
 
340 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.3 
 
 
387 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
373 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
354 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.72 
 
 
360 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
373 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.15 
 
 
373 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  62.75 
 
 
370 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
373 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
373 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.37 
 
 
350 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.19 
 
 
353 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.49 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.74 
 
 
356 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.1 
 
 
372 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.28 
 
 
373 aa  467  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25417  gdp-mannose 4,6-dehydratase  65.59 
 
 
363 aa  465  9.999999999999999e-131  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.807653  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.43 
 
 
383 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.1 
 
 
359 aa  468  9.999999999999999e-131  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.8 
 
 
370 aa  467  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.98 
 
 
358 aa  465  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.66 
 
 
367 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
374 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.71 
 
 
373 aa  463  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.75 
 
 
370 aa  462  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  62.54 
 
 
372 aa  461  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.33 
 
 
373 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.48 
 
 
340 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.71 
 
 
373 aa  463  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.47 
 
 
374 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.89 
 
 
372 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.88 
 
 
379 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.62 
 
 
340 aa  458  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.91 
 
 
340 aa  460  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62 
 
 
354 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  62 
 
 
374 aa  458  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  61.05 
 
 
401 aa  460  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.86 
 
 
372 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5153  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.61 
 
 
370 aa  459  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000400711  normal  0.218522 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
381 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.61 
 
 
379 aa  457  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.24 
 
 
355 aa  456  1e-127  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0627  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
374 aa  455  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.85 
 
 
367 aa  454  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2349  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.85 
 
 
374 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.78 
 
 
367 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1790  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.07 
 
 
372 aa  454  1e-127  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.19 
 
 
373 aa  456  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>