More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4199 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
374 aa  783    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.27 
 
 
373 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.54 
 
 
373 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  82.57 
 
 
374 aa  661    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.27 
 
 
373 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.54 
 
 
373 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.99 
 
 
373 aa  636    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.27 
 
 
373 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80 
 
 
373 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.27 
 
 
373 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  89.04 
 
 
375 aa  717    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  78.92 
 
 
373 aa  631  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.92 
 
 
373 aa  631  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.92 
 
 
373 aa  631  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.92 
 
 
373 aa  631  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.92 
 
 
373 aa  631  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.3 
 
 
373 aa  632  1e-180  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.92 
 
 
373 aa  631  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.92 
 
 
373 aa  631  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1312  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80 
 
 
369 aa  630  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.38 
 
 
373 aa  625  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.57 
 
 
372 aa  618  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.86 
 
 
372 aa  614  1e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.95 
 
 
373 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0302  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.2 
 
 
376 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  75.41 
 
 
372 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.6 
 
 
367 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.49 
 
 
397 aa  592  1e-168  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.51 
 
 
371 aa  588  1e-167  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.88 
 
 
380 aa  588  1e-167  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0589  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.92 
 
 
380 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155049  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.77 
 
 
367 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.1 
 
 
374 aa  573  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.57 
 
 
372 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.54 
 
 
379 aa  555  1e-157  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.88 
 
 
371 aa  556  1e-157  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.81 
 
 
379 aa  557  1e-157  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.33 
 
 
360 aa  551  1e-156  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.04 
 
 
372 aa  550  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.05 
 
 
360 aa  549  1e-155  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.28 
 
 
373 aa  544  1e-154  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.51 
 
 
360 aa  542  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.51 
 
 
361 aa  538  9.999999999999999e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.38 
 
 
362 aa  534  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.03 
 
 
363 aa  536  1e-151  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.48 
 
 
375 aa  534  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  67.21 
 
 
401 aa  536  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.19 
 
 
372 aa  536  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.25 
 
 
360 aa  537  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.93 
 
 
381 aa  536  1e-151  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.25 
 
 
367 aa  533  1e-150  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.05 
 
 
383 aa  531  1e-150  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.4 
 
 
382 aa  533  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.77 
 
 
362 aa  529  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.38 
 
 
382 aa  530  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0627  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.94 
 
 
374 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13991  gdpmannose 4,6-dehydratase  65.88 
 
 
380 aa  527  1e-149  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.193432  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
372 aa  527  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2349  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.83 
 
 
374 aa  527  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.77 
 
 
361 aa  525  1e-148  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.48 
 
 
372 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2694  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.58 
 
 
401 aa  522  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.093727 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.76 
 
 
373 aa  518  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.52 
 
 
400 aa  520  1e-146  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.3 
 
 
369 aa  520  1e-146  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.12 
 
 
370 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.72 
 
 
388 aa  516  1.0000000000000001e-145  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.42 
 
 
387 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  63.03 
 
 
368 aa  513  1e-144  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1790  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.12 
 
 
372 aa  513  1e-144  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.56 
 
 
370 aa  512  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14441  gdpmannose 4,6-dehydratase  64.61 
 
 
364 aa  508  1e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.327555  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.56 
 
 
360 aa  510  1e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.29 
 
 
370 aa  504  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  68.39 
 
 
373 aa  504  9.999999999999999e-143  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4001  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.66 
 
 
378 aa  507  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.01 
 
 
361 aa  504  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.49 
 
 
362 aa  502  1e-141  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.91 
 
 
365 aa  501  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  63.78 
 
 
370 aa  502  1e-141  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.46 
 
 
368 aa  499  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5153  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.29 
 
 
370 aa  499  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000400711  normal  0.218522 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02910  GDP-D-mannose dehydratase  63.29 
 
 
372 aa  500  1e-140  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.62 
 
 
360 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.33 
 
 
361 aa  491  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.82 
 
 
356 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.21 
 
 
352 aa  489  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.01 
 
 
353 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1221  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.79 
 
 
355 aa  482  1e-135  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.155645  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.18 
 
 
363 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64 
 
 
367 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.9 
 
 
354 aa  480  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.26 
 
 
364 aa  474  1e-133  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.92 
 
 
359 aa  474  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  61.73 
 
 
361 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20961  GDP-D-mannose dehydratase  63.56 
 
 
350 aa  471  1e-132  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456617 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43847  predicted protein  64.59 
 
 
362 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.379971  normal  0.189398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.46 
 
 
354 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.69 
 
 
355 aa  470  1.0000000000000001e-131  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25417  gdp-mannose 4,6-dehydratase  62.4 
 
 
363 aa  468  1.0000000000000001e-131  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.807653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>