More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1407 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1407  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
384 aa  796    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000685892  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2132  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.64 
 
 
348 aa  490  1e-137  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0323729 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.6 
 
 
362 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.22 
 
 
373 aa  464  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.22 
 
 
373 aa  464  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.36 
 
 
380 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2129  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.98 
 
 
347 aa  464  1e-129  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.97 
 
 
373 aa  463  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  61.76 
 
 
372 aa  463  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.11 
 
 
374 aa  463  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  61.25 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.25 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.25 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.25 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.25 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
373 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.25 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.25 
 
 
373 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.5 
 
 
382 aa  457  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.62 
 
 
368 aa  456  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1762  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.56 
 
 
349 aa  456  1e-127  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.319433 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.49 
 
 
373 aa  455  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
372 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.41 
 
 
371 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.68 
 
 
362 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.67 
 
 
349 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.07 
 
 
342 aa  453  1.0000000000000001e-126  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.46 
 
 
360 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.94 
 
 
383 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.89 
 
 
345 aa  448  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.89 
 
 
372 aa  449  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.91 
 
 
373 aa  449  1e-125  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.68 
 
 
373 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.67 
 
 
382 aa  448  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.37 
 
 
359 aa  449  1e-125  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.11 
 
 
361 aa  448  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.74 
 
 
372 aa  448  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.03 
 
 
372 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.56 
 
 
351 aa  450  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.46 
 
 
375 aa  451  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.29 
 
 
374 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.22 
 
 
362 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  61.71 
 
 
373 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.56 
 
 
387 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.6 
 
 
372 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.22 
 
 
362 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.54 
 
 
373 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.61 
 
 
388 aa  447  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.18 
 
 
370 aa  445  1.0000000000000001e-124  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0626  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.11 
 
 
349 aa  443  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.32 
 
 
370 aa  444  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02910  GDP-D-mannose dehydratase  62 
 
 
372 aa  441  1e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.57 
 
 
371 aa  442  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.73 
 
 
375 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.78 
 
 
353 aa  444  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2614  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.49 
 
 
342 aa  442  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  60.11 
 
 
374 aa  444  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.46 
 
 
340 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
379 aa  442  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
372 aa  444  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.77 
 
 
381 aa  444  1e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.82 
 
 
358 aa  439  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0302  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
376 aa  438  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
363 aa  441  9.999999999999999e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.99 
 
 
380 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.21 
 
 
351 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4754  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.07 
 
 
350 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.06 
 
 
379 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1790  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.57 
 
 
372 aa  439  9.999999999999999e-123  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.17 
 
 
397 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0963  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.21 
 
 
351 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.6787 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.74 
 
 
360 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.54 
 
 
361 aa  435  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
372 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  56.5 
 
 
401 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.4 
 
 
360 aa  437  1e-121  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0589  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.94 
 
 
380 aa  437  1e-121  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155049  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  60.11 
 
 
370 aa  436  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.14 
 
 
364 aa  437  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.03 
 
 
349 aa  433  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
367 aa  433  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11545  GDP-D-mannose dehydratase gmdA  61.85 
 
 
340 aa  431  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.54 
 
 
367 aa  432  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60 
 
 
367 aa  428  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.83 
 
 
362 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25417  gdp-mannose 4,6-dehydratase  60.97 
 
 
363 aa  430  1e-119  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.807653  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.54 
 
 
361 aa  429  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.8 
 
 
370 aa  429  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1312  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.97 
 
 
369 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  57.87 
 
 
368 aa  429  1e-119  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.25 
 
 
338 aa  430  1e-119  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.89 
 
 
363 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.05 
 
 
400 aa  427  1e-118  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.97 
 
 
360 aa  425  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.82 
 
 
367 aa  425  1e-118  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.6 
 
 
340 aa  426  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>