More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3331 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3331  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 201 aa  400  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3200  short chain dehydrogenase  86 
 
 		 217 aa  341  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3526  short chain dehydrogenase  88.37 
 
 		 233 aa  313  9e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3138  short chain dehydrogenase  74.13 
 
 		 200 aa  299  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5475  short chain dehydrogenase  71.64 
 
 		 202 aa  295  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5387  short chain dehydrogenase  71.64 
 
 		 202 aa  295  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4883  short chain dehydrogenase  71.14 
 
 		 202 aa  293  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0927  short chain dehydrogenase  64.18 
 
 		 200 aa  257  9e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.115438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4284  short chain dehydrogenase  61.5 
 
 		 201 aa  250  8.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.206363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0613  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 201 aa  249  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0886445 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1664  short chain dehydrogenase  63 
 
 		 199 aa  249  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50610  short chain dehydrogenase  57 
 
 		 223 aa  237  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0391945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4312  short chain dehydrogenase  57 
 
 		 199 aa  236  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4448  short chain dehydrogenase  59 
 
 		 201 aa  234  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1238  short chain dehydrogenase  53.73 
 
 		 199 aa  226  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0313  short chain dehydrogenase  50.75 
 
 		 199 aa  216  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0297  short chain dehydrogenase  50.75 
 
 		 199 aa  216  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0657  short chain dehydrogenase  48.24 
 
 		 202 aa  200  9e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.769936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5629  short chain dehydrogenase  49.75 
 
 		 198 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3670  short chain dehydrogenase  48.24 
 
 		 208 aa  187  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3793  short chain dehydrogenase  47.74 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0789  short chain dehydrogenase  48.24 
 
 		 205 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06295  short chain dehydrogenase  40.5 
 
 		 200 aa  169  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2493  short chain dehydrogenase  45.18 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1726  short chain dehydrogenase  45.18 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05280  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 200 aa  165  5e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2512  short chain dehydrogenase  44.5 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.296656  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl362  short chain dehydrogenase  40.3 
 
 		 202 aa  156  2e-37  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  3.68833e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1873  short chain dehydrogenase  40.7 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3613  short chain dehydrogenase  42 
 
 		 199 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1736  short chain dehydrogenase  40.2 
 
 		 201 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.544896  normal  0.157452 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2619  short chain dehydrogenase  39.7 
 
 		 201 aa  148  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4306  short chain dehydrogenase  38.07 
 
 		 197 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2520  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 		 199 aa  133  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0216463  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6188  short chain dehydrogenase  40.74 
 
 		 198 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1778  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 		 202 aa  124  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  39.31 
 
 		 245 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 		 274 aa  75.9  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  30.23 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.48 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 		 250 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 		 246 aa  64.7  0.0000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  33.33 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0938  Short-chain alcohol dehydrogenase  27.33 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746042  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.81 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.72 
 
 		 247 aa  62  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.61 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  29.14 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 		 256 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.206497 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 		 256 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.165575  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4191  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 		 256 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.6 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.48 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2606  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  31.78 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.6 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0457  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.1 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.741091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.15 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1057  short chain dehydrogenase; 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.22 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.474453 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 253 aa  58.2  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 		 294 aa  58.2  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.15 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.72 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0577833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  29.05 
 
 		 292 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.42 
 
 		 245 aa  57  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 		 261 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.898845  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 		 263 aa  57  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 		 289 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72840  putative short-chain dehydrogenase  28.02 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1374  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.16 
 
 		 247 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6322  putative short-chain dehydrogenase  28.02 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.59 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.43 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.32 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  29.05 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0139206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>