173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2228 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2228  PAS domain-containing protein  100 
 
 		 176 aa  357  7e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0904  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 176 aa  357  7e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 		 365 aa  92.8  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  35.82 
 
 		 345 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  39.5 
 
 		 152 aa  89  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  36.72 
 
 		 152 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  37.9 
 
 		 533 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  38.53 
 
 		 110 aa  85.5  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  35.77 
 
 		 533 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  35.71 
 
 		 531 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  35.34 
 
 		 541 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  41.67 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  39.45 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  37.74 
 
 		 507 aa  82.4  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 		 581 aa  82.4  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 		 477 aa  82.8  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  36.7 
 
 		 680 aa  82.4  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 		 812 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  36.13 
 
 		 150 aa  82  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  37.84 
 
 		 534 aa  82  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 		 559 aa  81.3  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  34.82 
 
 		 534 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  40.16 
 
 		 364 aa  80.1  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  37.61 
 
 		 533 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.47 
 
 		 929 aa  79.3  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  38.79 
 
 		 734 aa  79.7  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1578  putative PAS/PAC sensor protein  33.8 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4613  putative PAS/PAC sensor protein  33.82 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.444342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  34.82 
 
 		 539 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  34.82 
 
 		 534 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  35.43 
 
 		 1178 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.95 
 
 		 1021 aa  78.6  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  39.66 
 
 		 723 aa  78.2  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  33.93 
 
 		 541 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  33.93 
 
 		 541 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  31.75 
 
 		 411 aa  78.2  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  36.61 
 
 		 544 aa  78.2  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 654 aa  77.8  0.00000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  33.65 
 
 		 463 aa  77.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 		 578 aa  77.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 354 aa  77.4  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 		 1820 aa  77.4  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.81 
 
 		 1877 aa  77  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  37.5 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 812 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  33.65 
 
 		 463 aa  76.6  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0309  putative PAS/PAC sensor protein  32.17 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.882882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1429  sensory box protein  33.05 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15468  predicted protein  36.21 
 
 		 120 aa  76.6  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.242872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  38 
 
 		 369 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  34.23 
 
 		 544 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 354 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4489  putative PAS/PAC sensor protein  33.06 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4629  sensory box protein  33.06 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 481 aa  74.3  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  34.29 
 
 		 164 aa  74.3  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 814 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  33.9 
 
 		 147 aa  73.6  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 		 503 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.42 
 
 		 389 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  35.58 
 
 		 488 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 481 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 		 488 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.86 
 
 		 1183 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  40.96 
 
 		 108 aa  72.8  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 901 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 890 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.86 
 
 		 1183 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  32.89 
 
 		 570 aa  72  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 491 aa  72  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  37.25 
 
 		 103 aa  72  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  34.21 
 
 		 644 aa  71.6  0.000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 		 1017 aa  71.6  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3014  putative PAS/PAC sensor protein  36.45 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2739  sensory box protein, putative  36.45 
 
 		 151 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.58 
 
 		 1036 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.62 
 
 		 1040 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.74 
 
 		 1036 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 888 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.91 
 
 		 1238 aa  69.7  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  29.27 
 
 		 1317 aa  70.1  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03435  GATA-factor [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q7ZA36]  34.48 
 
 		 837 aa  68.9  0.00000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.310555 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  36.79 
 
 		 760 aa  68.9  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 		 488 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 		 587 aa  69.3  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4431  putative PAS/PAC sensor protein  33.61 
 
 		 186 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04450  White collar 1 protein (WC1), putative  35.11 
 
 		 1097 aa  68.6  0.00000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 		 959 aa  68.9  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1000  LuxR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 195 aa  68.2  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.745862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51933  hypothetical protein  33.98 
 
 		 142 aa  68.2  0.00000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.216108  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  33.98 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 1741 aa  67.4  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 		 913 aa  67  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 		 578 aa  66.2  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.82 
 
 		 836 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  33.91 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0896  sensor protein  36.54 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>