More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03889 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  100 
 
 		 339 aa  691    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 341 aa  466  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  64.67 
 
 		 344 aa  461  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 340 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 355 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6523  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 329 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317039 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6033  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 329 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.695454 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5669  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 329 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2480  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 364 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 364 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  28.27 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  30.82 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.39 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 333 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 353 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  39.01 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  29.82 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 348 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 375 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 347 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  33.16 
 
 		 347 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 396 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 338 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  27.01 
 
 		 335 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  31.37 
 
 		 365 aa  105  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  34.57 
 
 		 343 aa  106  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  27.67 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 343 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 343 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  23.38 
 
 		 346 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 337 aa  99.8  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 339 aa  99.8  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.38 
 
 		 343 aa  99.8  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 339 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 341 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 356 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 346 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  29.56 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 344 aa  96.3  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 345 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  25.67 
 
 		 354 aa  96.3  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 343 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 335 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  25 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  29.95 
 
 		 348 aa  95.1  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 356 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  33.12 
 
 		 343 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 341 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 198 aa  93.6  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 345 aa  93.2  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.43 
 
 		 345 aa  93.2  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 344 aa  93.2  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 364 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 350 aa  92  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.74 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 382 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  30.05 
 
 		 338 aa  90.5  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 348 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 362 aa  90.5  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 351 aa  90.1  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 344 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  29.88 
 
 		 353 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 382 aa  89.4  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  28.97 
 
 		 366 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>