172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4249 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4249  putative cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  100 
 
 		 148 aa  303  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.22639 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4365  cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  68.83 
 
 		 154 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4954  Cytochrome c553-like protein  64.08 
 
 		 139 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  51.95 
 
 		 236 aa  87.8  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  50 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  41.77 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  37.8 
 
 		 105 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  37.36 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  37.37 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  40.58 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  33.01 
 
 		 221 aa  57  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  36.84 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  41.89 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  32.58 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  31 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 123 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 106 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  30.48 
 
 		 207 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  34.34 
 
 		 104 aa  51.2  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  31.43 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  32.26 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  33.7 
 
 		 221 aa  50.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 225 aa  50.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  32.91 
 
 		 191 aa  50.1  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  26.89 
 
 		 224 aa  50.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  28.42 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  40 
 
 		 124 aa  49.7  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  34.41 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  35.21 
 
 		 318 aa  49.3  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2750  cytochrome c class I  31.31 
 
 		 230 aa  48.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0318755  hitchhiker  0.00000419826 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3152  cytochrome c552  31.31 
 
 		 230 aa  48.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720354  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  26.32 
 
 		 198 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  27.62 
 
 		 220 aa  48.9  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00326  cytochrome C4  30.59 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  27.66 
 
 		 106 aa  48.9  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  33.68 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  32 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  32.32 
 
 		 205 aa  48.5  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  34.41 
 
 		 206 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  31.68 
 
 		 193 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  29.06 
 
 		 228 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  37.88 
 
 		 199 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  35.71 
 
 		 205 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1635  putative cytochrome  31.71 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.240566  normal  0.477632 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  36.9 
 
 		 205 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 230 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  35.71 
 
 		 205 aa  47.4  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  32.04 
 
 		 153 aa  47.8  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  34 
 
 		 98 aa  47.8  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  30 
 
 		 113 aa  47.4  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  29.17 
 
 		 222 aa  47.4  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  30.68 
 
 		 103 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1185  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 214 aa  46.2  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.472956  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  30.91 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2984  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  40 
 
 		 218 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  32.88 
 
 		 206 aa  46.2  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  28.99 
 
 		 107 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0690  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0729078  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  30.63 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  26.02 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  35.06 
 
 		 126 aa  46.2  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0710  cytochrome c, class I  39.13 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.272303 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  28.38 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  28.21 
 
 		 237 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  29.29 
 
 		 216 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  29.29 
 
 		 217 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1844  cytochrome c class I  27.63 
 
 		 116 aa  45.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000314475  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  34.33 
 
 		 102 aa  45.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2701  cytochrome c, class I  27.16 
 
 		 109 aa  45.4  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.487536  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0669  hypothetical protein  36.36 
 
 		 157 aa  45.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0140591  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 225 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  34.92 
 
 		 226 aa  45.4  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  28.17 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0546  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 249 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  27.5 
 
 		 206 aa  44.7  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05467  cytochrome c  28.18 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  34.21 
 
 		 382 aa  44.7  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  39.73 
 
 		 219 aa  44.7  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0930  cytochrome c class I  27.59 
 
 		 122 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.308919  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  39.73 
 
 		 219 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  28.28 
 
 		 198 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  31.94 
 
 		 210 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3133  putative signal peptide protein  28.95 
 
 		 118 aa  44.7  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  29.29 
 
 		 221 aa  44.3  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  28.95 
 
 		 118 aa  44.3  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5446  putative cytochrome c4 precursor  28.3 
 
 		 196 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.712541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  31.68 
 
 		 198 aa  44.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  32.58 
 
 		 206 aa  44.3  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  27.71 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4567  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 98 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798656  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0445  hypothetical protein  33.33 
 
 		 149 aa  43.9  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  30.99 
 
 		 207 aa  43.9  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3136  cytochrome c, class I  23.66 
 
 		 101 aa  43.9  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  27.5 
 
 		 256 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>