More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2207 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 512 aa  1056    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  91.23 
 
 		 512 aa  966    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 		 509 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 		 517 aa  334  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 511 aa  333  3e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 		 516 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 517 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 517 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 534 aa  325  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 517 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 517 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 515 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 518 aa  310  5e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 534 aa  309  6.999999999999999e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 517 aa  306  8.000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 517 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 515 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.71 
 
 		 565 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 519 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 515 aa  302  9e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 519 aa  302  9e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.43 
 
 		 525 aa  298  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 532 aa  297  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  36.76 
 
 		 520 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 518 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 518 aa  295  2e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 		 520 aa  295  2e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 		 546 aa  293  3e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 519 aa  293  5e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  36.49 
 
 		 520 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.76 
 
 		 526 aa  292  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 		 541 aa  292  1e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  36.44 
 
 		 521 aa  291  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.91 
 
 		 525 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.85 
 
 		 525 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  35.68 
 
 		 516 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.72 
 
 		 525 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 523 aa  289  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 505 aa  289  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  34.45 
 
 		 502 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.66 
 
 		 530 aa  287  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  38.58 
 
 		 532 aa  286  5e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 520 aa  286  5e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  38.39 
 
 		 532 aa  286  5e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 522 aa  286  7e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  38.05 
 
 		 571 aa  286  9e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.78 
 
 		 525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  38.39 
 
 		 532 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  38.39 
 
 		 532 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.53 
 
 		 527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  42.2 
 
 		 559 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.68 
 
 		 526 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 521 aa  282  1e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  34.36 
 
 		 523 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 520 aa  281  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.97 
 
 		 526 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  37.36 
 
 		 547 aa  280  4e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  35.83 
 
 		 521 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 516 aa  280  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.81 
 
 		 519 aa  280  6e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 518 aa  279  9e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 		 502 aa  277  3e-73  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  35.59 
 
 		 521 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 		 520 aa  276  5e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  34.89 
 
 		 517 aa  276  5e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  34.62 
 
 		 528 aa  276  8e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 494 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  34.84 
 
 		 521 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 494 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  33.73 
 
 		 531 aa  274  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 		 494 aa  273  6e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.4 
 
 		 503 aa  273  7e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 522 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147131  normal  0.360345 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0743  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 522 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.83543  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  39.59 
 
 		 521 aa  272  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  35.38 
 
 		 522 aa  271  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 515 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 519 aa  271  2.9999999999999997e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  33.9 
 
 		 520 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 518 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 515 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 509 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 515 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 518 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  31.95 
 
 		 514 aa  264  4e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 501 aa  260  3e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  32.54 
 
 		 521 aa  260  4e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 535 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  39.3 
 
 		 521 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 526 aa  258  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 493 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 534 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 521 aa  256  6e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 518 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 511 aa  256  6e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 514 aa  256  8e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 		 529 aa  256  9e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 532 aa  256  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 504 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>