More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1998 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  84.88 
 
 		 463 aa  783    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1188  Signal transduction histidine kinase  76.48 
 
 		 465 aa  681    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  90.97 
 
 		 464 aa  841    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1831  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  82.82 
 
 		 458 aa  752    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.55748 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 465 aa  924    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1434  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  79.78 
 
 		 465 aa  719    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3068  putative two-component sensor histidine kinase  79.69 
 
 		 458 aa  726    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3177  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  56.74 
 
 		 475 aa  474  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0501501 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.86 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.08 
 
 		 481 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.711544 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1684  histidine kinase  49.89 
 
 		 471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1409  ATPase domain-containing protein  49.89 
 
 		 471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.137041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.11 
 
 		 471 aa  403  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.89 
 
 		 472 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.61 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.67 
 
 		 490 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.713299 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4170  histidine kinase  50 
 
 		 490 aa  371  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0895  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 		 461 aa  292  9e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0604  sensor histidine kinase  40.74 
 
 		 436 aa  289  6e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0605  sensor histidine kinase  40.94 
 
 		 432 aa  286  5e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.972928  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2673  histidine kinase  39.58 
 
 		 436 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0937  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.69 
 
 		 461 aa  279  7e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.159129 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1359  two component sensor kinase  39.35 
 
 		 471 aa  275  9e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0429  sensor histidine kinase FeuQ  36.7 
 
 		 473 aa  273  6e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5129  putative two-component sensor histidine kinase  37.47 
 
 		 448 aa  269  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 		 460 aa  259  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.378674  normal  0.194122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1067  histidine kinase  37.47 
 
 		 467 aa  259  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0918  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 467 aa  258  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.123629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5100  histidine kinase  38.19 
 
 		 482 aa  249  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.368053  normal  0.11003 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.91 
 
 		 461 aa  248  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0631  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 		 459 aa  246  9e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0181536  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3430  histidine kinase  38.28 
 
 		 464 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 		 445 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.0265162 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4082  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 		 455 aa  238  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.154716 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3059  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3443  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 		 478 aa  232  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.131083  normal  0.673106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2065  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 467 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 		 441 aa  227  4e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  32.38 
 
 		 449 aa  225  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4047  sensor histidine kinase  43.75 
 
 		 317 aa  224  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0802  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 		 463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00906644 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3188  histidine kinase  39.17 
 
 		 456 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10722  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1245  sensor histidine kinase  32.81 
 
 		 462 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000271676  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1586  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.95 
 
 		 446 aa  209  6e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0175865 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.95 
 
 		 446 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.741916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4113  ATPase domain-containing protein  37.53 
 
 		 448 aa  205  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.779025  normal  0.819443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4481  histidine kinase  36.62 
 
 		 448 aa  204  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.410421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5126  two component sensor kinase  34.14 
 
 		 456 aa  203  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3766  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.25 
 
 		 439 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1886  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 484 aa  200  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2064  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.64 
 
 		 441 aa  199  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0576592 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2616  histidine kinase  34.72 
 
 		 474 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6193  histidine kinase  35.67 
 
 		 452 aa  196  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.04 
 
 		 452 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 		 474 aa  190  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.596315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5572  putative two-component sensor histidine kinase  34.07 
 
 		 471 aa  190  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.118515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4594  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 		 460 aa  187  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 		 456 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1948  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.6 
 
 		 439 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.014264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3512  histidine kinase  30.97 
 
 		 441 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00937623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1978  signal transduction protein, histidine kinase  30.67 
 
 		 444 aa  180  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5303  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 		 458 aa  177  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 		 439 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0848259  normal  0.136137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  35.25 
 
 		 445 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4931  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 450 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.231481 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 		 439 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231827 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3876  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 441 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000107272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 441 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000460347  hitchhiker  0.000037431 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4403  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 454 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1883  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 		 447 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0300234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 439 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.98279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  29.15 
 
 		 456 aa  171  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2544  putative two-component sensor  33.94 
 
 		 444 aa  170  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0961662  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  27.39 
 
 		 475 aa  169  8e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4325  hypothetical protein  35.79 
 
 		 411 aa  168  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.36321 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28570  sensory histidine protein kinase  33.07 
 
 		 440 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.380534  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1355  Signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 441 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  29.02 
 
 		 466 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3211  sensor histidine kinase  32.43 
 
 		 439 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.608335  normal  0.379725 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3876  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 		 442 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.213045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1996  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.26 
 
 		 437 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.540244  normal  0.136551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0575  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 		 442 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139912  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0649  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 		 442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000150109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3693  histidine kinase  31.52 
 
 		 442 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3750  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 442 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0203  two component sensor kinase  27.73 
 
 		 451 aa  164  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  38.17 
 
 		 429 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  33.23 
 
 		 517 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0614  ATPase domain-containing protein  30.79 
 
 		 442 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.617782  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 		 475 aa  160  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0621  sensor histidine kinase  30.65 
 
 		 442 aa  160  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3007  sensor histidine kinase  29.59 
 
 		 445 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0582  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 		 445 aa  160  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.684402  normal  0.489398 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0615  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 442 aa  160  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.27687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3380  sensor histidine kinase  31.46 
 
 		 439 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.625161  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3415  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 442 aa  159  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.147478  normal  0.210462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3778  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 		 462 aa  159  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  27.62 
 
 		 482 aa  158  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.92 
 
 		 443 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4804  histidine kinase  31.52 
 
 		 446 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.631947  normal  0.828013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>