More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1733 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4373  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  84.29 
 
 		 382 aa  659    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520618  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3738  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  86.91 
 
 		 382 aa  665    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0571205  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1733  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  100 
 
 		 382 aa  770    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1570  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  73.37 
 
 		 384 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000466042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  73.67 
 
 		 384 aa  561  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  71.65 
 
 		 387 aa  551  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723708  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1286  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  71.09 
 
 		 383 aa  546  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.846982  normal  0.193132 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2254  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  66.14 
 
 		 379 aa  507  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1184  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  63.76 
 
 		 379 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1889  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  63.76 
 
 		 378 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163517  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2091  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  63.76 
 
 		 378 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.149567  normal  0.326559 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4268  glycine cleavage system T protein  60.59 
 
 		 380 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4232  glycine cleavage system T protein  60.8 
 
 		 373 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4394  glycine cleavage system T protein  61.07 
 
 		 374 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26050  glycine cleavage system T protein  61.6 
 
 		 374 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.620637  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33040  glycine cleavage system protein T2  62.6 
 
 		 373 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000417127  hitchhiker  0.000519847 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  60.27 
 
 		 373 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1023  glycine cleavage system T protein  60.27 
 
 		 373 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1095  glycine cleavage system T protein  60.9 
 
 		 374 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0280431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  61.33 
 
 		 373 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2809  glycine cleavage system protein T2  62.6 
 
 		 373 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1275  glycine cleavage system T protein  60.53 
 
 		 409 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2299  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  61.64 
 
 		 377 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000230  aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)  60.43 
 
 		 372 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0534  glycine cleavage system T protein  62.2 
 
 		 377 aa  429  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.406364 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05968  glycine cleavage system protein T2  59.09 
 
 		 376 aa  426  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2193  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.79 
 
 		 377 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  59.73 
 
 		 374 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2393  glycine cleavage system T protein  58.98 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.673157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0868  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.79 
 
 		 377 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2726  glycine cleavage system T protein  59.84 
 
 		 376 aa  425  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0779  glycine cleavage system T protein  62.23 
 
 		 392 aa  421  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678322  normal  0.0882666 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0496  glycine cleavage system T protein  57.49 
 
 		 372 aa  419  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2348  glycine cleavage system T protein  58.4 
 
 		 370 aa  419  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0949  glycine cleavage system T protein  59.36 
 
 		 376 aa  413  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3841  glycine cleavage system T protein  56.15 
 
 		 375 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6035  glycine cleavage system T protein  62.86 
 
 		 380 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1561  glycine cleavage system T protein  56.68 
 
 		 374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1815  glycine cleavage system T protein  55.88 
 
 		 379 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.863047  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0814  glycine cleavage system T protein  63 
 
 		 392 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.327481  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0855  glycine cleavage system T protein  62.73 
 
 		 392 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0510506  normal  0.0771176 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1868  glycine cleavage system T protein  54.31 
 
 		 398 aa  388  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0707876  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2683  glycine cleavage system T protein  55.91 
 
 		 384 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.837498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1433  aminomethyltransferase  57.48 
 
 		 381 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3051  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  57.26 
 
 		 375 aa  385  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3957  glycine cleavage system T protein  55.05 
 
 		 408 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0748489 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0733  glycine cleavage system T protein  56.46 
 
 		 384 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0358369 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1741  glycine cleavage system T protein  53.46 
 
 		 376 aa  383  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.959068  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1938  glycine cleavage system T protein  53.46 
 
 		 376 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.976777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2282  glycine cleavage system T protein  53.48 
 
 		 366 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.88282 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3145  glycine cleavage system T protein  56.73 
 
 		 376 aa  381  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  53.6 
 
 		 391 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3620  glycine cleavage system T protein  53.89 
 
 		 366 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0688  glycine cleavage system T protein  54.4 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.628122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1871  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.66 
 
 		 374 aa  363  2e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.224663  normal  0.125667 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2201  glycine cleavage system T protein  55.09 
 
 		 381 aa  363  4e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.399384 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  52.8 
 
 		 366 aa  351  1e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3019  glycine cleavage system T protein  54.33 
 
 		 403 aa  347  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.456959  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3299  glycine cleavage system T protein  50.26 
 
 		 392 aa  345  6e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3526  glycine cleavage system T protein  59.37 
 
 		 380 aa  335  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  54.88 
 
 		 377 aa  333  4e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4387  glycine cleavage system T protein  48.93 
 
 		 370 aa  325  6e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.817765 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2211  glycine cleavage system T protein  49.47 
 
 		 365 aa  322  5e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.722508  normal  0.250133 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1850  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.6 
 
 		 388 aa  320  3e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0344364  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2694  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  51.21 
 
 		 377 aa  320  3.9999999999999996e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3864  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  47.23 
 
 		 367 aa  305  9.000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.782346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0727  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  46.56 
 
 		 367 aa  302  6.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2682  aminomethyltransferase, glycine cleavage system T protein  50.67 
 
 		 361 aa  302  6.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.122455  normal  0.82644 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0681  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  46.3 
 
 		 367 aa  301  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1018  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  45.07 
 
 		 364 aa  299  5e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1096  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  45.09 
 
 		 373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.184957  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04350  aminomethyltransferase, mitochondrial precursor, putative  42.93 
 
 		 409 aa  279  7e-74  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.716927  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  42.27 
 
 		 414 aa  270  2e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83560  Aminomethyl transferase  39.44 
 
 		 393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  39.69 
 
 		 375 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  40.57 
 
 		 389 aa  246  4e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0253  glycine cleavage system T protein  41.21 
 
 		 367 aa  244  9.999999999999999e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29531  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.95 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  40.89 
 
 		 371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  40.79 
 
 		 370 aa  240  4e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  36.46 
 
 		 360 aa  235  1.0000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.24 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.82 
 
 		 376 aa  233  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  36.19 
 
 		 357 aa  233  3e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  39.89 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.27 
 
 		 359 aa  230  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.68 
 
 		 363 aa  229  7e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.34 
 
 		 369 aa  228  1e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2594  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.96 
 
 		 375 aa  227  2e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26707 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.58 
 
 		 364 aa  227  3e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.48 
 
 		 365 aa  226  3e-58  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  37.99 
 
 		 364 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3874  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.01 
 
 		 369 aa  225  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.644537  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.01 
 
 		 369 aa  225  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21611  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.86 
 
 		 372 aa  225  8e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.532359 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.62 
 
 		 381 aa  224  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4451  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.82 
 
 		 369 aa  224  3e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2675  glycine cleavage system T protein  37.3 
 
 		 366 aa  223  6e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11173  aminomethyltransferase  35.12 
 
 		 360 aa  221  9.999999999999999e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>