244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3974 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2070  pepF/M3 family oligoendopeptidase  71.43 
 
 		 634 aa  881    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.024965  normal  0.33011 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2877  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  67.06 
 
 		 601 aa  805    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0929363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2052  pepF/M3 family oligoendopeptidase  62.5 
 
 		 614 aa  776    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.841739  hitchhiker  0.00000309933 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0081  oligoendopeptidase F  68.14 
 
 		 620 aa  849    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2803  pepF/M3 family oligoendopeptidase  65.99 
 
 		 623 aa  795    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.121144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2576  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  67.73 
 
 		 620 aa  836    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.855226 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0993  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  84.49 
 
 		 625 aa  1081    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2412  oligoendopeptidase F  56.54 
 
 		 606 aa  660    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0632065  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3702  oligoendopeptidase F  63.78 
 
 		 619 aa  785    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1431  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  89.3 
 
 		 610 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.838587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3392  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  54.66 
 
 		 607 aa  673    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.935472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3974  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  100 
 
 		 626 aa  1288    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.221188  normal  0.896374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1411  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  85.44 
 
 		 632 aa  1118    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.249086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1225  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  84.43 
 
 		 626 aa  1098    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100343  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0569  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  55.59 
 
 		 606 aa  661    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0425519  hitchhiker  0.00000722694 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2730  pepF/M3 family oligoendopeptidase  66.61 
 
 		 616 aa  839    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.797581  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0213  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  66.23 
 
 		 616 aa  824    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227297  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3296  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  66.16 
 
 		 617 aa  817    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4665  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  84.33 
 
 		 638 aa  1080    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0370  pepF/M3 family oligoendopeptidase  68.52 
 
 		 622 aa  840    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3597  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  66.67 
 
 		 617 aa  820    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.794644  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1832  pepF/M3 family oligoendopeptidase  56.29 
 
 		 620 aa  669    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2603  oligoendopeptidase  56.29 
 
 		 611 aa  658    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0093862 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1075  pepF/M3 family oligoendopeptidase  56.37 
 
 		 606 aa  661    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.371255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1570  pepF/M3 family oligoendopeptidase  56.88 
 
 		 606 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713222  normal  0.288392 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1482  pepF/M3 family oligoendopeptidase  54.06 
 
 		 615 aa  644    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6862  putative oligoendopeptidase F  84.86 
 
 		 664 aa  1053    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.916639  normal  0.20394 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3148  pepF/M3 family oligoendopeptidase  68.14 
 
 		 616 aa  805    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00629046 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0329  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  55.02 
 
 		 615 aa  639    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.559929 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0076  oligoendopeptidase F  68.14 
 
 		 620 aa  850    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2754  pepF/M3 family oligoendopeptidase  67.46 
 
 		 625 aa  816    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2684  pepF/M3 family oligoendopeptidase  66.44 
 
 		 627 aa  812    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.667149 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4260  pepF/M3 family oligoendopeptidase  66.29 
 
 		 620 aa  852    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2981  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  67.12 
 
 		 625 aa  813    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.54197  normal  0.947222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2192  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  53.29 
 
 		 597 aa  634  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0882  pepF/M3 family oligoendopeptidase  44.72 
 
 		 608 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.83984  normal  0.332504 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0533  pepF/M3 family oligoendopeptidase  42.54 
 
 		 589 aa  447  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18439  normal  0.721981 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4566  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  44.38 
 
 		 607 aa  428  1e-118  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0554379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1896  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  43.35 
 
 		 601 aa  425  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2674  oligoendopeptidase F, putative  39.76 
 
 		 598 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2299  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  39.76 
 
 		 598 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1636  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  36.46 
 
 		 573 aa  368  1e-100  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0701  putative oligoendopeptidase F  35.87 
 
 		 571 aa  365  2e-99  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2169  peptidase M3A and M3B, thimet/oligopeptidase F  37.29 
 
 		 601 aa  355  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1873  oligoendopeptidase F  37.24 
 
 		 596 aa  353  4e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.201769  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1295  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  35.71 
 
 		 588 aa  350  5e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778267  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1242  oligoendopeptidase F  34.4 
 
 		 573 aa  349  7e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.906065  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0719  oligoendopeptidase F, putative  34.18 
 
 		 569 aa  348  2e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.954418  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0623  oligoendopeptidase F  34.57 
 
 		 573 aa  347  3e-94  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1382  pepF/M3 family oligoendopeptidase  35.88 
 
 		 589 aa  347  3e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000209164  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0066  rhomboid family protein  34.54 
 
 		 573 aa  345  1e-93  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.411672  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1295  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  36.87 
 
 		 612 aa  344  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000104369  hitchhiker  0.000569902 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1117  oligoendopeptidase F  34.57 
 
 		 572 aa  345  2e-93  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2988  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  35.2 
 
 		 588 aa  343  5e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68469e-23 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1054  oligoendopeptidase F  33.16 
 
 		 573 aa  335  2e-90  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1105  peptidase  33.16 
 
 		 566 aa  333  5e-90  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.567346  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2055  pepF/M3 family oligoendopeptidase  35.3 
 
 		 591 aa  333  5e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00862679  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1993  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  33.9 
 
 		 592 aa  327  5e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000167694  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34179  predicted protein  33.85 
 
 		 577 aa  313  6.999999999999999e-84  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.137613  normal  0.109742 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2068  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  33.45 
 
 		 603 aa  307  4.0000000000000004e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.733195 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1694  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  28.99 
 
 		 584 aa  246  9.999999999999999e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0884  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  29.78 
 
 		 578 aa  241  4e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000022902  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1177  pepF/M3 family oligoendopeptidase  27.91 
 
 		 590 aa  233  6e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2647  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  29.22 
 
 		 584 aa  231  3e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00961781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1817  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  28.89 
 
 		 597 aa  223  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000237555  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1212  pepF/M3 family oligoendopeptidase  26.73 
 
 		 586 aa  219  1e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0407734  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1422  oligoendopeptidase F  29.27 
 
 		 596 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0811423  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2001  oligoendopeptidase F, putative  26.97 
 
 		 597 aa  201  1.9999999999999998e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0875927  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3298  pepF/M3 family oligoendopeptidase  25.13 
 
 		 582 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6864  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  27.38 
 
 		 612 aa  196  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.176327 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1211  oligoendopeptidase pepF/M3 family  30.87 
 
 		 587 aa  195  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000802852  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003689  oligoendopeptidase F  26.32 
 
 		 598 aa  192  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0099  oligoendopeptidase F  27.59 
 
 		 619 aa  192  2e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.893555  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2457  oligoendopeptidase F  28.18 
 
 		 595 aa  188  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0101459  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2626  oligoendopeptidase F  27.54 
 
 		 618 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02130  oligopeptidase  24.96 
 
 		 599 aa  184  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08170  Oligoendopeptidase F  25.94 
 
 		 598 aa  182  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0738  oligoendopeptidase F  27.44 
 
 		 609 aa  181  4e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0253  oligoendopeptidase F  25.63 
 
 		 590 aa  179  1e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3050  oligoendopeptidase F  28.79 
 
 		 599 aa  178  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2002  oligoendopeptidase F  27.6 
 
 		 594 aa  177  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000655164  normal  0.321245 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1167  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  29.1 
 
 		 593 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1539  oligoendopeptidase F  26.99 
 
 		 622 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3273  pepF/M3 family oligoendopeptidase  27.02 
 
 		 603 aa  174  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.474589 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1729  oligopeptidase F  25.77 
 
 		 593 aa  173  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0341754  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1998  pepF/M3 family oligoendopeptidase  28.57 
 
 		 603 aa  173  9e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1169  oligoendopeptidase F  28.93 
 
 		 644 aa  173  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.325773 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0130  Oligopeptidase F  25.15 
 
 		 593 aa  172  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4682  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  25.21 
 
 		 606 aa  171  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2452  oligopeptidase F  26.39 
 
 		 602 aa  169  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2755  oligoendopeptidase F  28.12 
 
 		 606 aa  166  1.0000000000000001e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000210431  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0856  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  25.47 
 
 		 598 aa  164  5.0000000000000005e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0490  oligoendopeptidase F  24.95 
 
 		 603 aa  164  6e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3699  oligoendopeptidase F  27.66 
 
 		 597 aa  162  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3460  oligoendopeptidase F  26.41 
 
 		 601 aa  163  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000449992  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1161  oligoendopeptidase F  28.52 
 
 		 596 aa  161  4e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1902  oligoendopeptidase F  27.46 
 
 		 649 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0805  group B oligopeptidase PepB  26.47 
 
 		 601 aa  160  6e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.036965  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3115  oligoendopeptidase F  26.28 
 
 		 603 aa  160  9e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.111844  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1255  oligoendopeptidase F  30 
 
 		 600 aa  159  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>