More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3062 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  73.12 
 
 		 418 aa  645    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  74.51 
 
 		 418 aa  660    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  100 
 
 		 418 aa  867    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  74.51 
 
 		 418 aa  660    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  77.02 
 
 		 418 aa  659    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  77.67 
 
 		 418 aa  680    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  71.18 
 
 		 418 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  69.7 
 
 		 418 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  67.98 
 
 		 418 aa  569  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3484  phage integrase family protein  68.7 
 
 		 418 aa  570  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  68.47 
 
 		 418 aa  560  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3366  phage integrase family protein  66.75 
 
 		 394 aa  548  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1465  phage integrase  65.76 
 
 		 418 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  58.65 
 
 		 398 aa  473  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  58.48 
 
 		 395 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  57.83 
 
 		 402 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  57.47 
 
 		 400 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  57.22 
 
 		 395 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  56.82 
 
 		 399 aa  462  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  57.22 
 
 		 400 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  55.95 
 
 		 402 aa  451  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  50.93 
 
 		 434 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  50.71 
 
 		 426 aa  425  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  50.84 
 
 		 446 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  50.84 
 
 		 455 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2106  integrase  75.74 
 
 		 272 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  46.56 
 
 		 461 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1623  integrase or site-specific recombinase  42.06 
 
 		 466 aa  346  5e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0554  CP4-like integrase  60 
 
 		 274 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  41.33 
 
 		 403 aa  268  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  39.26 
 
 		 410 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  37.84 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  37.84 
 
 		 409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  37.84 
 
 		 409 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2105  integrase  83.57 
 
 		 149 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  36.84 
 
 		 409 aa  249  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  40.05 
 
 		 410 aa  246  6e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.28 
 
 		 394 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  36.36 
 
 		 396 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  36.62 
 
 		 394 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  36.09 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  34.68 
 
 		 440 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  35.22 
 
 		 404 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  34.47 
 
 		 404 aa  230  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  35.15 
 
 		 404 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  36.07 
 
 		 401 aa  223  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  33.74 
 
 		 404 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  34.07 
 
 		 404 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  34.07 
 
 		 404 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  34.07 
 
 		 404 aa  216  8e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  35.06 
 
 		 404 aa  215  9e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  34 
 
 		 402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  33.42 
 
 		 409 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  32.91 
 
 		 389 aa  213  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  33.84 
 
 		 395 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  32.75 
 
 		 402 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  36.93 
 
 		 402 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  33.25 
 
 		 397 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  34.42 
 
 		 395 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  32.25 
 
 		 404 aa  210  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.63 
 
 		 402 aa  209  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  32.49 
 
 		 391 aa  209  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  33.16 
 
 		 387 aa  209  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  34.01 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  34.01 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  33.25 
 
 		 396 aa  208  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  32.23 
 
 		 387 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  34.55 
 
 		 394 aa  206  6e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  33.09 
 
 		 396 aa  206  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  32.91 
 
 		 394 aa  202  7e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  33.5 
 
 		 410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  31.39 
 
 		 402 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  33.42 
 
 		 399 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  33.33 
 
 		 417 aa  199  6e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  32.58 
 
 		 414 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  32.32 
 
 		 393 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  32.24 
 
 		 396 aa  196  7e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  33.75 
 
 		 415 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  30.81 
 
 		 401 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  31.93 
 
 		 395 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  31.44 
 
 		 397 aa  192  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  32.77 
 
 		 421 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3095  integrase family protein  34.01 
 
 		 392 aa  186  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000033184 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  33 
 
 		 445 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  30.6 
 
 		 438 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  32.2 
 
 		 411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  32.92 
 
 		 417 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  33.17 
 
 		 401 aa  182  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  32.32 
 
 		 391 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  33.52 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  32.16 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  33.67 
 
 		 407 aa  180  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  33.83 
 
 		 398 aa  180  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  30.83 
 
 		 425 aa  179  5.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  31.03 
 
 		 406 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  30.65 
 
 		 400 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  31.49 
 
 		 419 aa  177  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  32.49 
 
 		 405 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  30.08 
 
 		 391 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  30.94 
 
 		 415 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>