More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1426 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  82.56 
 
 		 602 aa  991    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  76.71 
 
 		 601 aa  933    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  81.14 
 
 		 600 aa  958    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  100 
 
 		 600 aa  1210    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  82.86 
 
 		 600 aa  970    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1292  ABC transporter related  83.02 
 
 		 601 aa  986    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  80.67 
 
 		 600 aa  989    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  49.03 
 
 		 621 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  46.32 
 
 		 601 aa  525  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  46.09 
 
 		 595 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  44.75 
 
 		 596 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  45.04 
 
 		 595 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  46.15 
 
 		 601 aa  497  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  43.13 
 
 		 609 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  43.33 
 
 		 609 aa  491  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  42.81 
 
 		 591 aa  487  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  42.81 
 
 		 624 aa  476  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  40.35 
 
 		 588 aa  441  9.999999999999999e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  39.48 
 
 		 585 aa  431  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.84 
 
 		 577 aa  376  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.57 
 
 		 600 aa  372  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  35.96 
 
 		 571 aa  369  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  38.31 
 
 		 605 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.79 
 
 		 585 aa  363  7.0000000000000005e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  37.15 
 
 		 618 aa  362  1e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.76 
 
 		 580 aa  361  3e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  37.44 
 
 		 627 aa  357  2.9999999999999997e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  36.97 
 
 		 582 aa  356  5.999999999999999e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.94 
 
 		 580 aa  355  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  38.38 
 
 		 611 aa  353  4e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  36.64 
 
 		 556 aa  351  3e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  37.86 
 
 		 611 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  37.86 
 
 		 611 aa  350  4e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.72 
 
 		 587 aa  348  1e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.29 
 
 		 572 aa  348  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  37.57 
 
 		 589 aa  348  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  37.35 
 
 		 611 aa  344  2e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  37.67 
 
 		 588 aa  340  2.9999999999999998e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  34.92 
 
 		 571 aa  340  4e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  33.76 
 
 		 588 aa  339  7e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  35.82 
 
 		 601 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.26 
 
 		 602 aa  336  5.999999999999999e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  34.66 
 
 		 593 aa  334  2e-90  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0588  ABC transporter related  38.83 
 
 		 579 aa  333  4e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  38 
 
 		 596 aa  333  4e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  39.04 
 
 		 579 aa  330  6e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  35.38 
 
 		 610 aa  329  7e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.04 
 
 		 582 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  35.46 
 
 		 579 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  35.8 
 
 		 608 aa  328  1.0000000000000001e-88  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.43 
 
 		 583 aa  328  2.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  35.65 
 
 		 613 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0387  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.28 
 
 		 586 aa  325  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2717  ABC transporter related  36.1 
 
 		 608 aa  324  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.48 
 
 		 605 aa  323  6e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.25 
 
 		 597 aa  322  9.000000000000001e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.57 
 
 		 582 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2497  ABC transporter related  35.48 
 
 		 614 aa  320  3e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5589  ABC transporter related  38.73 
 
 		 586 aa  321  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.76 
 
 		 582 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  37.86 
 
 		 598 aa  320  6e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  34.12 
 
 		 572 aa  319  9e-86  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.52 
 
 		 579 aa  318  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  37.6 
 
 		 613 aa  318  2e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.82 
 
 		 583 aa  317  4e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  35.44 
 
 		 607 aa  316  6e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  31.74 
 
 		 586 aa  315  9.999999999999999e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0115  ABC transporter related  34.03 
 
 		 609 aa  313  4.999999999999999e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.14 
 
 		 583 aa  313  6.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  36.3 
 
 		 579 aa  313  7.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  31.84 
 
 		 597 aa  311  2e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.56 
 
 		 587 aa  311  2e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.87 
 
 		 581 aa  311  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.34 
 
 		 587 aa  311  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2763  transport ATP-binding protein msbA  37.63 
 
 		 590 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.714351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  37.55 
 
 		 601 aa  310  4e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11248  ABC transporter, ATP-binding protein  33.46 
 
 		 566 aa  310  5.9999999999999995e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.69 
 
 		 582 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21520  ABC transporter related  39.17 
 
 		 468 aa  308  1.0000000000000001e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0921  phospholipid-lipopolysaccharide ABC transporter  33.92 
 
 		 596 aa  308  2.0000000000000002e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  36.13 
 
 		 598 aa  307  3e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.62 
 
 		 574 aa  307  4.0000000000000004e-82  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  35.25 
 
 		 592 aa  306  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1094  lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA  33.92 
 
 		 588 aa  305  1.0000000000000001e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.47 
 
 		 585 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.86 
 
 		 594 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.54 
 
 		 592 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  35.79 
 
 		 612 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  33.83 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0569  ABC transporter related  31.08 
 
 		 597 aa  304  4.0000000000000003e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.64 
 
 		 582 aa  304  4.0000000000000003e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  31.94 
 
 		 575 aa  303  5.000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>