More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0094 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  88.62 
 
 		 246 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4376  winged helix family two component transcriptional regulator  89.43 
 
 		 247 aa  420  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  86.99 
 
 		 246 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  86.29 
 
 		 248 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4667  two component transcriptional regulator  88.62 
 
 		 247 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2116  response regulator receiver  67.49 
 
 		 244 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2393  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.49 
 
 		 244 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2069  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.12 
 
 		 291 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.501994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  65.97 
 
 		 240 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  66.25 
 
 		 253 aa  304  7e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.13 
 
 		 246 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0634  two component transcriptional regulator  50.84 
 
 		 255 aa  218  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.823943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  46.86 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 240 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3373  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.584151  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  45.04 
 
 		 248 aa  208  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  43.28 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  44.03 
 
 		 242 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  43.46 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  45.38 
 
 		 261 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  43.27 
 
 		 246 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  46.03 
 
 		 243 aa  198  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 246 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  43.27 
 
 		 246 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 246 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  39.42 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  43.27 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  44.87 
 
 		 243 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  43.33 
 
 		 240 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.67 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  42.62 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.9 
 
 		 242 aa  195  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 246 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 246 aa  194  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 246 aa  194  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  39 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  45.45 
 
 		 257 aa  192  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.75 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.8 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 235 aa  191  7e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.9 
 
 		 245 aa  191  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 245 aa  191  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  44.26 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0577  two component transcriptional regulator  45.42 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  44.44 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.8 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  40.42 
 
 		 250 aa  189  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 240 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  43.15 
 
 		 243 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  44.31 
 
 		 240 aa  189  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  44.31 
 
 		 240 aa  189  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  42.21 
 
 		 244 aa  189  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  41.32 
 
 		 246 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  43.57 
 
 		 238 aa  188  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  43.62 
 
 		 243 aa  188  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0378  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  43.62 
 
 		 243 aa  188  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 275 aa  187  9e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  41.8 
 
 		 240 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  43.53 
 
 		 230 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.53 
 
 		 259 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  43.21 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  40.65 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  41.32 
 
 		 247 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 243 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.32 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  43.21 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.04 
 
 		 247 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  43.7 
 
 		 267 aa  185  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  43.1 
 
 		 245 aa  185  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.08 
 
 		 246 aa  184  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3580  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 242 aa  184  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0214492  hitchhiker  0.00000165063 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1839  two component transcriptional regulator  45.34 
 
 		 255 aa  184  9e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.1183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.5 
 
 		 246 aa  184  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  40.89 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  40.89 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  43.95 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3034  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.28 
 
 		 238 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.633643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  41.53 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  40.89 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  43.1 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  44.07 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  41.53 
 
 		 239 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  43.21 
 
 		 243 aa  182  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  41.53 
 
 		 239 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  42.21 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.28 
 
 		 240 aa  182  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>