208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1761 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  100 
 
 
386 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  86.53 
 
 
386 aa  675    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  78.27 
 
 
387 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  66.84 
 
 
384 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  45.65 
 
 
377 aa  332  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  43.56 
 
 
435 aa  315  7e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  43.54 
 
 
423 aa  302  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  44.22 
 
 
424 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  38.67 
 
 
467 aa  300  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  43.29 
 
 
425 aa  299  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  41.28 
 
 
382 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  40.74 
 
 
403 aa  266  5.999999999999999e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  38.64 
 
 
403 aa  258  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  38.67 
 
 
432 aa  252  6e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  40.47 
 
 
415 aa  250  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  36.91 
 
 
397 aa  249  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  38.61 
 
 
402 aa  240  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  39.6 
 
 
338 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  40.17 
 
 
338 aa  230  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  34.09 
 
 
382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  41.16 
 
 
338 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  37.33 
 
 
406 aa  219  6e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0919  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  35.01 
 
 
398 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1704  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34 
 
 
410 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  37.93 
 
 
370 aa  216  7e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  35.99 
 
 
454 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.03 
 
 
669 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.59 
 
 
668 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  34.42 
 
 
469 aa  205  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  34.86 
 
 
449 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  33.33 
 
 
657 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  34.32 
 
 
454 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.87 
 
 
668 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.87 
 
 
668 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  33.33 
 
 
466 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  33.51 
 
 
491 aa  195  9e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  36.21 
 
 
392 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  36.05 
 
 
407 aa  194  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  33.42 
 
 
461 aa  193  5e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  32.14 
 
 
470 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  34.16 
 
 
452 aa  190  5e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  32.43 
 
 
469 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  29.77 
 
 
443 aa  189  9e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  31.77 
 
 
467 aa  189  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  30.36 
 
 
431 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2301  putative nitrate transport protein  39.77 
 
 
333 aa  186  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.910203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  32.25 
 
 
461 aa  185  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.64 
 
 
669 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.64 
 
 
669 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  32.23 
 
 
457 aa  184  3e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3039  putative nitrate transport protein  37.97 
 
 
389 aa  183  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1734  nitrate transporter, putative  36.21 
 
 
361 aa  182  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918495  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3742  putative nitrate transport protein  40.41 
 
 
334 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.114721 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.79 
 
 
353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  32.42 
 
 
455 aa  180  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  30.2 
 
 
430 aa  178  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  30.23 
 
 
437 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  29.85 
 
 
434 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  30.2 
 
 
430 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  29.9 
 
 
405 aa  177  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4454  putative nitrate transport protein  37.9 
 
 
390 aa  177  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  29.34 
 
 
444 aa  176  7e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  29.34 
 
 
444 aa  176  7e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  30.23 
 
 
437 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  29.95 
 
 
430 aa  176  9e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  30.41 
 
 
418 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  31.69 
 
 
667 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  32.18 
 
 
407 aa  175  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.5 
 
 
347 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.5 
 
 
347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  31.47 
 
 
450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.37 
 
 
347 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.57 
 
 
673 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  31.77 
 
 
380 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  30.15 
 
 
442 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.93 
 
 
663 aa  171  3e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.52 
 
 
668 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  31.51 
 
 
423 aa  169  5e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  29.74 
 
 
475 aa  169  8e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  30.67 
 
 
419 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  29.44 
 
 
442 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.3 
 
 
353 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  32.03 
 
 
404 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  35.94 
 
 
353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  29.02 
 
 
425 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  36.23 
 
 
353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.3 
 
 
350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.38 
 
 
385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  37.3 
 
 
350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  35.94 
 
 
353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  35.94 
 
 
353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  35.94 
 
 
353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  35.94 
 
 
353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.43 
 
 
427 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  35.65 
 
 
353 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  30.41 
 
 
419 aa  167  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  32.29 
 
 
404 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  29.55 
 
 
432 aa  166  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  28.54 
 
 
440 aa  166  9e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  35.65 
 
 
353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>