More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2121 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 306 aa  614  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  93.77 
 
 		 309 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  67.32 
 
 		 310 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 310 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  70.33 
 
 		 305 aa  401  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 310 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 310 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  66.33 
 
 		 310 aa  397  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  69.26 
 
 		 275 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 310 aa  282  6.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 325 aa  209  7e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 321 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  42.75 
 
 		 327 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 337 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 314 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  37.71 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  37.71 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  43.53 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  38.23 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  38.23 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  38.23 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  38.23 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  38.23 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  38.67 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  38.67 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  38.67 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  38.67 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  38.67 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  39.45 
 
 		 454 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 328 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 328 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 328 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 325 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 328 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 328 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 369 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 339 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  35.84 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 312 aa  169  7e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  33.46 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.77 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  35.36 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 356 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 404 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 326 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.91 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 384 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 408 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.43 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 316 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 481 aa  106  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>