More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1858 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
240 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  90 
 
 
240 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.6 
 
 
236 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.6 
 
 
234 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  30.6 
 
 
234 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.17 
 
 
234 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  32.78 
 
 
250 aa  86.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
250 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
242 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
260 aa  77  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  35.03 
 
 
243 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  32.99 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  30.9 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  32.47 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  24.1 
 
 
248 aa  72.4  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  32.2 
 
 
242 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
237 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
237 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
237 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
248 aa  71.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
228 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
228 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  58.06 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
272 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
268 aa  69.3  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  60.66 
 
 
394 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  60.66 
 
 
425 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.63 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  60.66 
 
 
238 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  60.66 
 
 
238 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  60.66 
 
 
238 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  60.66 
 
 
238 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  60.66 
 
 
238 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  27.51 
 
 
279 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
237 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.02 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.02 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.02 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.02 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.02 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  53.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1991  ATP-dependent transcription regulator LuxR  55.77 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.141856  hitchhiker  0.00484475 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
239 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
239 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
239 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
231 aa  65.1  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  30.48 
 
 
236 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
243 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.35 
 
 
241 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
243 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.35 
 
 
241 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.35 
 
 
237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.35 
 
 
237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  29.44 
 
 
240 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.35 
 
 
241 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.35 
 
 
237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  26.49 
 
 
243 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.35 
 
 
241 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  28.29 
 
 
248 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.89 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1927  LuxR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
257 aa  63.2  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
228 aa  63.5  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.17 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.18 
 
 
240 aa  63.5  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.17 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  27.89 
 
 
240 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
239 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
240 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5387  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 
215 aa  62.8  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.38 
 
 
241 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  23.98 
 
 
235 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
239 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  26.39 
 
 
245 aa  62  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
236 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
235 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  26.83 
 
 
250 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.77 
 
 
236 aa  61.6  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  24.55 
 
 
245 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  45.31 
 
 
301 aa  60.5  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  54.72 
 
 
295 aa  60.5  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
242 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00878  two-component response regulator  53.57 
 
 
298 aa  60.1  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>