More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2143 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
385 aa  799    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  69.29 
 
 
385 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  70.24 
 
 
385 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  46.93 
 
 
388 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.5 
 
 
382 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.04 
 
 
405 aa  322  6e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  42.93 
 
 
377 aa  322  8e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  42.93 
 
 
377 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.57 
 
 
380 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  43.13 
 
 
388 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.93 
 
 
372 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  40.17 
 
 
391 aa  302  8.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.49 
 
 
391 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.55 
 
 
397 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  39.63 
 
 
382 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  39.9 
 
 
382 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.55 
 
 
384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  38.32 
 
 
380 aa  279  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  39.14 
 
 
388 aa  276  6e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  38.4 
 
 
384 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.64 
 
 
425 aa  236  7e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  35.5 
 
 
385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  33.33 
 
 
411 aa  230  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  31.88 
 
 
418 aa  225  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  32.8 
 
 
404 aa  225  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  36.59 
 
 
384 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  34.52 
 
 
410 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  35.52 
 
 
386 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  32.33 
 
 
393 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.59 
 
 
393 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  35.36 
 
 
388 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  33.33 
 
 
428 aa  211  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.81 
 
 
436 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0188  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.89 
 
 
444 aa  209  9e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
402 aa  207  2e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
421 aa  208  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
421 aa  208  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.37 
 
 
436 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  32.5 
 
 
463 aa  206  6e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  33.8 
 
 
407 aa  205  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
402 aa  205  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  32.87 
 
 
419 aa  202  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  33.88 
 
 
402 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.37 
 
 
421 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 
438 aa  199  7.999999999999999e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  29.55 
 
 
418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  29.82 
 
 
419 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.09 
 
 
421 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  30.48 
 
 
422 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.09 
 
 
421 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  29.92 
 
 
441 aa  197  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
421 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  31.07 
 
 
445 aa  197  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  30.83 
 
 
422 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  30.83 
 
 
422 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  30.83 
 
 
422 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  30.75 
 
 
421 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  32.42 
 
 
388 aa  196  7e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  30.75 
 
 
421 aa  195  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.37 
 
 
421 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  30 
 
 
405 aa  195  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  31.4 
 
 
443 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  31.55 
 
 
421 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  30.38 
 
 
418 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  30.75 
 
 
418 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.1 
 
 
421 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
413 aa  193  5e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  29.49 
 
 
423 aa  193  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  30.56 
 
 
405 aa  192  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1019  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.59 
 
 
424 aa  192  9e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.18333 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  31.04 
 
 
440 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
423 aa  192  1e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.29 
 
 
421 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  31.02 
 
 
421 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  30.29 
 
 
423 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  29.68 
 
 
422 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  32.79 
 
 
416 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
421 aa  191  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  30.56 
 
 
418 aa  189  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  29.68 
 
 
422 aa  189  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  31.61 
 
 
840 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2176  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein, putative  29.84 
 
 
435 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.253407  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  30.89 
 
 
413 aa  187  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0732  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.84 
 
 
435 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.909457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2048  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.84 
 
 
435 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0410415  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2565  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.84 
 
 
435 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000125255  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  30.35 
 
 
413 aa  186  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3127  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.57 
 
 
435 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3067  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.57 
 
 
435 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.656729  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3103  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.57 
 
 
435 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  30.5 
 
 
417 aa  186  8e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2251  urea ABC transporter, urea binding protein  29.84 
 
 
433 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  29.3 
 
 
435 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  30.62 
 
 
413 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  29.57 
 
 
431 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  29.57 
 
 
435 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  29.57 
 
 
435 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  29.57 
 
 
435 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>