More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0300 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
250 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  98.4 
 
 
250 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  98 
 
 
250 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  91.24 
 
 
250 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  81.93 
 
 
248 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  74.41 
 
 
254 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  78 
 
 
250 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  78 
 
 
250 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  72.44 
 
 
254 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  74 
 
 
250 aa  361  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  53.14 
 
 
263 aa  261  6e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  54.74 
 
 
252 aa  249  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  47.97 
 
 
260 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  49.38 
 
 
258 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  46.27 
 
 
258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  46.64 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  46.05 
 
 
305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  48.18 
 
 
277 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  46.64 
 
 
309 aa  217  1e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  44.36 
 
 
263 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  46.72 
 
 
261 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  45.2 
 
 
258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  42.4 
 
 
253 aa  207  9e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  46.03 
 
 
264 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.16 
 
 
257 aa  206  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.16 
 
 
257 aa  205  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  47.27 
 
 
257 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  43.97 
 
 
265 aa  203  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  43.82 
 
 
258 aa  202  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  45.78 
 
 
280 aa  201  6e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  44 
 
 
258 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  44.49 
 
 
258 aa  201  8e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.06 
 
 
268 aa  199  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  44.66 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  44.53 
 
 
268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  47.2 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  42.61 
 
 
266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  44.31 
 
 
259 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 
268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.37 
 
 
257 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6800  extracellular solute-binding protein  41.8 
 
 
259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.8606  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  42.42 
 
 
263 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4286  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 
259 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0413144  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  42.17 
 
 
266 aa  195  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.91 
 
 
260 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  42.56 
 
 
259 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 
250 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.17 
 
 
250 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  42.15 
 
 
259 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4841  extracellular solute-binding protein  40.8 
 
 
259 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.608491  normal  0.182351 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 
250 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.37 
 
 
282 aa  193  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 
250 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  44.35 
 
 
243 aa  192  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.21 
 
 
261 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  44.35 
 
 
243 aa  192  5e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5463  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.94 
 
 
257 aa  191  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.21 
 
 
243 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.21 
 
 
243 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.21 
 
 
243 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.21 
 
 
243 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2378  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic-binding protein  40.55 
 
 
257 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669572  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  40.4 
 
 
253 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.44 
 
 
243 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.35 
 
 
243 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.21 
 
 
243 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.84 
 
 
253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1826  arginine/ornithine ABC transporter, periplasmic arginine/ornithine-binding protein  45.06 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  42.61 
 
 
264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.84 
 
 
253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  41.95 
 
 
261 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.8 
 
 
261 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.5 
 
 
244 aa  188  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  44.66 
 
 
258 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  42.8 
 
 
243 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  42.8 
 
 
243 aa  188  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  42.8 
 
 
243 aa  188  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.8 
 
 
243 aa  188  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  42.8 
 
 
243 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1780  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.98 
 
 
265 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1566  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.86 
 
 
264 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.8 
 
 
249 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.39 
 
 
243 aa  186  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  42.39 
 
 
243 aa  186  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.15 
 
 
243 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4765  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.56 
 
 
260 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.39 
 
 
261 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.39 
 
 
261 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5703  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 
260 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5997  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 
262 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.502118  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6067  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 
260 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.87 
 
 
255 aa  186  5e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0016  extracellular solute-binding protein  44.49 
 
 
263 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62462  normal  0.384726 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7494  extracellular solute-binding protein  41.37 
 
 
255 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0124491  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6551  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 
260 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.683047 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2917  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, periplasmic ligand binding protein  42.54 
 
 
264 aa  184  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  41.11 
 
 
257 aa  184  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  42.28 
 
 
243 aa  184  8e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2542  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.45 
 
 
260 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.579681  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2596  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.45 
 
 
260 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>