More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2015 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2015  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 142 aa  287  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.738334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1144  putative endoribonuclease, translationalinhibitor protein  50 
 
 		 137 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5133  endoribonuclease L-PSP  50.41 
 
 		 130 aa  114  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81404  normal  0.0532843 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  40.68 
 
 		 129 aa  86.7  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 151 aa  85.9  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  41.9 
 
 		 128 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 125 aa  84.7  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  39.05 
 
 		 125 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  32.33 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 129 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3210  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000188329  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  43.81 
 
 		 128 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  41.9 
 
 		 128 aa  80.9  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  39.05 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 129 aa  80.1  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 126 aa  80.1  0.000000000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  39.66 
 
 		 129 aa  80.1  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  32.33 
 
 		 130 aa  80.1  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  38.14 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  33.93 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  32.33 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  38.68 
 
 		 124 aa  78.6  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  38.1 
 
 		 126 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  39.05 
 
 		 128 aa  78.2  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0664  endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 127 aa  76.6  0.00000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 141 aa  77  0.00000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  34.29 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 125 aa  76.3  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4587  putative endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  39.82 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  31.09 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  35.59 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21490  endoribonuclease L-PSP, putative  35.04 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  31.9 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  35.29 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  34.19 
 
 		 128 aa  75.1  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0387  endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000500244 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1115  putative translation initiation inhibitor  36.94 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  34.29 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11098  putative translation initiation inhibitor  30.51 
 
 		 126 aa  74.7  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 132 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2337  putative endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394631 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  33.08 
 
 		 156 aa  73.9  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 129 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  35.83 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05611  YjgF family translation initiation inhibitor  38.05 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  31.36 
 
 		 128 aa  72.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  31.36 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0156  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1495  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  36.19 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  34.75 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  37.74 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0603  endoribonuclease L-PSP  28.7 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.35425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1054  putative endoribonuclease L-PSP  28.7 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0726433  normal  0.0135345 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  36.04 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0542  putative endoribonuclease L-PSP  27.83 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0087  Endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 422 aa  72.4  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.381775  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  31.43 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 129 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  34.29 
 
 		 143 aa  71.2  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  36.19 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  32.43 
 
 		 151 aa  70.5  0.000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  32.73 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 125 aa  70.1  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1512  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  31.53 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1176  putative endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 130 aa  69.7  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>