More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2957 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2864  phage integrase family protein  85.34 
 
 		 385 aa  673    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2957  integrase family protein  100 
 
 		 436 aa  882    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2825  integrase, putative  76.13 
 
 		 155 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0344644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  34.38 
 
 		 404 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  35.15 
 
 		 421 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  35 
 
 		 445 aa  194  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  33.09 
 
 		 404 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  32.52 
 
 		 404 aa  189  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  33.89 
 
 		 402 aa  187  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  32.52 
 
 		 462 aa  183  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  32.09 
 
 		 420 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  32.93 
 
 		 404 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  33.99 
 
 		 406 aa  177  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  33.64 
 
 		 428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  32.11 
 
 		 429 aa  174  3.9999999999999995e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  34.32 
 
 		 378 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  33.97 
 
 		 409 aa  173  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  34.16 
 
 		 407 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  31.65 
 
 		 405 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  34.69 
 
 		 406 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  32.93 
 
 		 403 aa  172  9e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  32.23 
 
 		 400 aa  172  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  32.43 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  32.05 
 
 		 403 aa  170  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  30.07 
 
 		 407 aa  170  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  31.41 
 
 		 411 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  30.49 
 
 		 412 aa  169  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  32.77 
 
 		 419 aa  166  9e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  30.27 
 
 		 402 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  32.24 
 
 		 394 aa  163  7e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  31.74 
 
 		 412 aa  162  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  31.28 
 
 		 398 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2541  putative CP4-like integrase  30.3 
 
 		 412 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  31.57 
 
 		 433 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  31.82 
 
 		 412 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  30.36 
 
 		 402 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  29.77 
 
 		 427 aa  156  7e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  31.28 
 
 		 391 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  32.9 
 
 		 389 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  32.67 
 
 		 413 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  30.38 
 
 		 401 aa  154  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  30.12 
 
 		 404 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  31.29 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  30.85 
 
 		 422 aa  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  32.42 
 
 		 396 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  31.65 
 
 		 412 aa  150  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  29.83 
 
 		 404 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  29.83 
 
 		 404 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  30.6 
 
 		 404 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  30.89 
 
 		 412 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  30.1 
 
 		 395 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  30.42 
 
 		 413 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  30.5 
 
 		 404 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  30.5 
 
 		 404 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  29.12 
 
 		 404 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  30 
 
 		 404 aa  146  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  30.5 
 
 		 404 aa  146  7.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  31.74 
 
 		 413 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  32.06 
 
 		 402 aa  146  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  29.73 
 
 		 401 aa  146  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  32.34 
 
 		 421 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  29.34 
 
 		 404 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  29.85 
 
 		 404 aa  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  29.1 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  29.95 
 
 		 415 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  29.71 
 
 		 404 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1034  phage integrase  28.87 
 
 		 444 aa  144  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.288738  normal  0.327892 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  28.71 
 
 		 438 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  31.16 
 
 		 396 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  30.71 
 
 		 394 aa  143  7e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  30.71 
 
 		 394 aa  143  7e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  28.61 
 
 		 404 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  28.71 
 
 		 419 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  31.22 
 
 		 417 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  29.16 
 
 		 403 aa  141  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  31.38 
 
 		 394 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  29.37 
 
 		 422 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  29.09 
 
 		 425 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  26.75 
 
 		 402 aa  139  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  30.65 
 
 		 394 aa  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  30.4 
 
 		 394 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  29.14 
 
 		 410 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  30.33 
 
 		 387 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  31.31 
 
 		 396 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  30 
 
 		 429 aa  138  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  25.95 
 
 		 411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  29.81 
 
 		 404 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  29.19 
 
 		 402 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  29.06 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  28.61 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  30.71 
 
 		 401 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3652  phage integrase family protein  30.21 
 
 		 387 aa  134  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  29.17 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2309  phage integrase family protein  27.9 
 
 		 410 aa  134  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733964  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  29.4 
 
 		 409 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  30.31 
 
 		 414 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  30.51 
 
 		 409 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  29.35 
 
 		 421 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0886  phage integrase  28.93 
 
 		 454 aa  132  7.999999999999999e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00972856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2924  integrase family protein  28.29 
 
 		 390 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>