More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2516 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2338  type II secretion system protein  95.71 
 
 		 396 aa  712    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3424  type II secretion system protein  95.96 
 
 		 403 aa  715    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.766631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2793  type II secretion system protein  86.87 
 
 		 396 aa  637    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.289636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2516  type II secretion system protein  100 
 
 		 396 aa  773    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136161 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1972  type II secretion system protein  68.34 
 
 		 395 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.603788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28630  Type II secretion system protein F  63.48 
 
 		 396 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1294  type II secretion system protein F  50.9 
 
 		 389 aa  338  7e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0082723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1433  type II secretion system protein F  47.74 
 
 		 392 aa  332  8e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2420  type II secretion system protein  47.74 
 
 		 393 aa  332  9e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1342  type II secretion system protein  47.98 
 
 		 395 aa  328  8e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3879  type II secretion system protein  46.85 
 
 		 397 aa  322  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2589  type II secretion system protein  47.5 
 
 		 394 aa  316  5e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02971  general secretion pathway GSPF-like transmembrane protein  43.86 
 
 		 395 aa  265  8e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3222  type II secretion system protein  43.26 
 
 		 394 aa  246  4e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.333811 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2309  putative GSPF-related transmembrane protein  38.77 
 
 		 400 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal  0.163088 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4712  Type II secretory pathway, gspf-related transmembrane protein  38.93 
 
 		 413 aa  232  7.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.992517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1432  type II secretion system protein  37.56 
 
 		 393 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1923  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.919085  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1865  type II secretion system protein  33.67 
 
 		 402 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.334713 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1784  type IV pilus biogenesis protein PilC, putative  32.07 
 
 		 402 aa  210  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1278  type II secretion system protein  35.49 
 
 		 401 aa  209  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1745  type II secretion system protein  28.87 
 
 		 406 aa  203  4e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2613  type II secretion system protein  38.62 
 
 		 382 aa  202  7e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.95954 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1552  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 402 aa  202  8e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0298839 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  29.37 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  29.95 
 
 		 405 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1685  type II secretory pathway, component PulF  31.78 
 
 		 402 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000381238  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1450  type II secretion system protein  33.92 
 
 		 405 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  28.79 
 
 		 405 aa  197  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  28.61 
 
 		 402 aa  194  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  30.35 
 
 		 406 aa  193  5e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  28.31 
 
 		 419 aa  192  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  28.25 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  32.59 
 
 		 405 aa  189  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02677  general secretion pathway protein F  33.42 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  33.42 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1045  general secretion pathway protein F  32.22 
 
 		 409 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  29.08 
 
 		 407 aa  186  5e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3005  type II secretion system protein  34.63 
 
 		 401 aa  186  6e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00232151 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4826  Type II secretion system F domain protein  32.29 
 
 		 403 aa  186  7e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.590317 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  28.49 
 
 		 403 aa  185  9e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  28.95 
 
 		 463 aa  185  9e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  30.97 
 
 		 409 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  27.79 
 
 		 408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  26.55 
 
 		 404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  34.55 
 
 		 405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  28.95 
 
 		 463 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  33.99 
 
 		 405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  30.25 
 
 		 405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  28.21 
 
 		 406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  27.25 
 
 		 419 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3086  type II secretion system protein  34.38 
 
 		 439 aa  183  4.0000000000000006e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.128855 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  31.01 
 
 		 417 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  33.59 
 
 		 405 aa  183  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58760  type 4 fimbrial biogenesis protein pilC  29.38 
 
 		 373 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.95906  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  26.67 
 
 		 406 aa  182  7e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  32.67 
 
 		 404 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  27.23 
 
 		 406 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  33.85 
 
 		 405 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0407  type II secretion system protein  27.03 
 
 		 419 aa  182  1e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  29.34 
 
 		 399 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  31.09 
 
 		 411 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0130  type II secretory pathway, component PulF  32.56 
 
 		 401 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1506  type II secretion system protein  28.86 
 
 		 403 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000781072  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  30.72 
 
 		 417 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  34.76 
 
 		 407 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2182  general secretion pathway protein F  32.58 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  27.22 
 
 		 408 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  28.15 
 
 		 405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  31.96 
 
 		 404 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  27.91 
 
 		 405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  26.1 
 
 		 405 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  31.58 
 
 		 410 aa  179  5.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  30.68 
 
 		 417 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  28.83 
 
 		 399 aa  179  8e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  29.75 
 
 		 405 aa  179  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3372  type IV pilin biogenesis protein  30.48 
 
 		 399 aa  179  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  31.97 
 
 		 399 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3500  type IV pilin biogenesis protein  31.61 
 
 		 378 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  28.32 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  27.53 
 
 		 404 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  27.53 
 
 		 404 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1043  type IV pilin biogenesis protein  30.23 
 
 		 399 aa  177  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0343376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  27.83 
 
 		 405 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3554  type II secretion system protein  27.39 
 
 		 401 aa  176  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  27.61 
 
 		 405 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  28.17 
 
 		 403 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  29.95 
 
 		 404 aa  176  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>